畸胎瘤成因未完全明确，可能与生殖细胞异常分化、遗传因素、胚胎期环境因素有关，不同人群患病部位等情况有别，生活方式无明确直接关联，有家族遗传病史者需密切关注健康定期检查。
生殖细胞异常分化：在胚胎发育早期，生殖细胞的分化出现异常，部分具有多向分化潜能的生殖细胞没有按照正常的发育路径形成成熟的组织器官，而是脱离了正常的发育轨道，聚集成团，逐渐分化增殖形成畸胎瘤。这种异常分化可能在胚胎发育的早期阶段就已经发生，受多种因素影响，比如遗传因素等可能会增加生殖细胞异常分化的风险。
遗传因素：某些遗传综合征与畸胎瘤的发生相关。例如，皮-杰综合征（Peutz-Jegherssyndrome）患者发生卵巢畸胎瘤的风险会增加。一些特定的基因突变可能会影响生殖细胞的正常发育和分化过程，从而使个体更容易患上畸胎瘤。不过，遗传因素并非是导致所有畸胎瘤发生的唯一原因，只是在部分病例中起到作用。
胚胎期环境因素：在胚胎发育的关键时期，孕妇接触一些不良的环境因素也可能对畸胎瘤的形成产生影响。比如，孕妇在孕期接触某些化学物质（如某些工业污染物、农药等）、受到辐射暴露等，这些环境因素可能干扰了胚胎生殖细胞的正常发育，增加了畸胎瘤发生的可能性。但目前对于具体哪些环境因素以及其作用的详细机制还在进一步的研究中。
不同年龄段、不同性别的人群患畸胎瘤的情况有所不同。对于女性来说，卵巢是畸胎瘤较为常见的发生部位；而男性则多见于睾丸等部位。在儿童和青少年中也可能出现畸胎瘤，其发生机制同样与上述因素相关，但由于儿童处于生长发育阶段，身体各方面的调控机制还不完善，胚胎期的一些微小异常更易导致生殖细胞的异常分化从而形成畸胎瘤。在生活方式方面，目前并没有明确的证据表明单一的生活方式因素会直接导致畸胎瘤，但健康的生活方式对于维持身体正常的生理功能和发育是有益的，有助于降低包括畸胎瘤等疾病的潜在风险。对于有家族遗传病史的人群，更需要密切关注自身健康状况，定期进行相关检查，以便早期发现可能出现的畸胎瘤等病变。
