骨囊肿可引起疼痛（部分患者隐痛钝痛，活动后加重，儿童青少年多见，性别无明显差异）、局部肿胀（囊肿在骨表面时逐渐出现，儿童青少年多见，性别差异不显著）、病理性骨折（骨皮质变薄致强度降低易骨折，儿童青少年相对更易发生，性别差异不突出）、肢体功能障碍（发生在负重骨时出现，儿童青少年因生长发育等受影响更明显，性别差异不大）。
发生情况：部分骨囊肿患者会出现疼痛症状，多为隐痛或钝痛，疼痛程度一般较轻，在活动后可能会有所加重。例如，儿童患有长骨骨囊肿时，可能在日常玩耍、活动后感到局部疼痛，但休息后可缓解，这是因为活动时囊肿部位受到应力影响，刺激周围组织引起疼痛。
与年龄性别关系：在儿童和青少年中较为常见，性别差异方面无明显倾向性，男女性发病概率相近。
局部肿胀
发生情况：囊肿部位如果发生在骨的表面，可能会逐渐出现局部肿胀。比如发生在肱骨近端的骨囊肿，随着囊肿的生长，局部会有膨隆感，触之有饱满感，但皮肤表面一般无红肿热等炎症表现。这是由于囊肿使骨皮质膨胀，导致局部外观改变。
与年龄性别关系：各年龄段均可发生，但以儿童和青少年多见，性别差异不显著。
病理性骨折
发生情况：骨囊肿导致骨皮质变薄，强度降低，容易发生病理性骨折。即使受到轻微外力，如儿童日常的轻微碰撞等，也可能引发骨折。骨折发生时，局部会出现明显的疼痛、肿胀、畸形以及活动受限等表现。例如，股骨颈部位的骨囊肿患者，可能在走路时不慎扭伤就发生骨折，表现为髋部疼痛、不能站立行走等。
与年龄性别关系：儿童和青少年相对更易发生，因为他们的骨骼处于生长发育阶段，骨皮质较薄，且活动相对较多，性别差异不突出。
肢体功能障碍
发生情况：如果骨囊肿发生在负重骨，如股骨、胫骨等部位，骨折后或囊肿较大影响骨的正常结构时，会导致肢体功能障碍。患者可能出现行走困难、不能正常屈伸关节等情况。比如胫骨骨囊肿合并骨折后，患者无法正常负重行走，膝关节屈伸也会受到明显限制。
与年龄性别关系：儿童和青少年因骨骼生长发育及活动量较大，受影响后肢体功能障碍表现更明显，性别差异不大。
