甲状腺功能减退可引发多种并发症，包括心血管系统方面致血脂异常增加心血管疾病风险，老年人群影响更显著；神经系统方面导致认知功能障碍，儿童期未治影响智力发育，成年长期患病致认知功能下降；消化系统方面引起胃肠蠕动减慢出现相关症状，老年人易致严重便秘甚至肠梗阻；内分泌系统方面影响内分泌轴，女性月经紊乱、影响生育，男性性欲减退等，孕妇未控影响胎儿甲状腺功能发育；最严重的并发症是黏液性水肿昏迷，多由诱因引起，老年人风险高、预后差。
神经系统并发症
甲状腺功能减退患者常出现认知功能障碍，表现为记忆力减退、注意力不集中、反应迟钝等。研究表明，甲状腺激素对神经系统的发育和功能维持至关重要，缺乏甲状腺激素会影响大脑的代谢和神经递质的平衡。儿童时期发生甲状腺功能减退若未及时治疗，会严重影响智力发育和神经行为功能；对于成年患者，长期甲状腺功能减退也会导致认知功能逐步下降，影响日常生活和工作能力。
消化系统并发症
甲状腺功能减退会使胃肠蠕动减慢，患者出现食欲减退、腹胀、便秘等症状。长期的胃肠功能紊乱还可能影响营养物质的吸收，导致患者出现营养不良等情况。老年人胃肠功能本身较弱，甲状腺功能减退引起的胃肠蠕动减慢更容易导致严重的便秘，甚至可能引发肠梗阻等严重并发症。
内分泌系统并发症
甲状腺功能减退可影响垂体-性腺轴、垂体-肾上腺轴等内分泌轴。在女性患者中，常出现月经紊乱，如月经量增多、经期延长或闭经等，还可能影响生育功能，增加不孕、流产的风险；男性患者可出现性欲减退、阳痿等。对于患有甲状腺功能减退的孕妇，若未得到良好控制，可能会影响胎儿的甲状腺功能发育，导致胎儿智力发育障碍等问题。
黏液性水肿昏迷
这是甲状腺功能减退最严重的并发症，多发生在病情严重且未得到有效治疗的患者身上。常由感染、寒冷、手术、停用甲状腺激素等诱因引起。患者表现为低温（体温低于35℃）、心动过缓、呼吸浅慢、血压下降、昏迷等，若不及时抢救，死亡率极高。老年人由于机体功能衰退，对寒冷等外界刺激的适应能力差，发生黏液性水肿昏迷的风险更高，且预后相对较差。
