肝囊肿的诊断需进行病史采集、体格检查及影像学、实验室检查。病史采集了解一般情况与既往病史；体格检查腹部触诊初步判断；超声检查是常用方法，可显示囊肿情况；CT检查能精确显示囊肿与周围组织关系；MRI检查可多序列多参数成像助鉴别；实验室检查中肝功能一般无明显异常，肿瘤标志物正常可辅助排除恶性肿瘤。
体格检查
腹部触诊：肝囊肿较大时可能在腹部触及囊性肿块，但一般肝囊肿较小时体格检查可能无明显阳性体征，通过触诊初步判断肝脏区域是否有异常隆起等情况。
影像学检查
超声检查：
优势：是诊断非寄生虫性肝囊肿最常用的影像学方法。超声检查可以清晰地显示肝内囊肿的数目、大小、部位以及囊壁情况等。能发现直径在1-2cm的囊肿，表现为肝内圆形或椭圆形无回声区，边界清晰，后壁及后方回声增强。
意义：通过超声检查可以初步确定肝囊肿的基本形态特征，为进一步诊断提供重要线索。
CT检查：
表现：肝囊肿在CT上表现为边界清楚、密度均匀的低密度影，CT值接近水的密度。增强扫描时囊肿无强化，这有助于与其他肝脏占位性病变相鉴别。对于超声检查难以明确诊断或者需要更精准判断囊肿情况时，CT检查可以发挥重要作用，尤其对于一些位置较深或者较大囊肿的评估。
意义：能更精确地显示囊肿与周围组织的关系，对于判断囊肿是否压迫周围血管、胆管等结构有重要价值。
MRI检查：
特点：在MRI上，肝囊肿表现为T1加权像低信号、T2加权像高信号的病灶，信号均匀，边界清晰。对于一些特殊情况的肝囊肿，如需要与其他肝脏囊性病变相鉴别时，MRI检查具有独特优势，因为它可以从多序列、多参数成像来综合判断病变性质。
意义：能够提供更丰富的组织学信息，有助于准确诊断非寄生虫性肝囊肿以及与其他相似病变的区分。
实验室检查
肝功能检查：一般非寄生虫性肝囊肿患者的肝功能检查多无明显异常，当囊肿较大压迫周围肝组织或者合并其他肝脏疾病时，可能出现肝功能指标的轻度异常，如转氨酶轻度升高等，但这并非肝囊肿诊断的特异性指标，主要用于评估肝脏整体功能状态以及辅助判断是否存在其他肝脏病变相关影响。
肿瘤标志物检查：如甲胎蛋白（AFP）等肿瘤标志物一般正常，因为非寄生虫性肝囊肿不是肿瘤性病变，通过肿瘤标志物检查可以排除肝脏恶性肿瘤等情况，起到辅助鉴别诊断的作用。
