短肠综合征按剩余小肠长度分为短段小肠型（剩余小肠100-200cm，有一定消化吸收功能，儿童可能影响生长）、长段小肠缺失型（剩余小肠50-100cm，消化吸收功能进一步受影响，小儿易严重营养不良）、极短段小肠型（剩余小肠小于50cm，消化吸收功能严重受损，出现严重腹泻等，婴幼儿生存挑战大需综合治疗）；按功能状态分为代偿性短肠综合征（剩余小肠短但可基本满足营养需求，仅轻微消化吸收异常）和失代偿性短肠综合征（剩余小肠无法代偿，出现明显营养吸收障碍症状，儿童严重影响生长发育需及时治疗）。
一、按剩余小肠长度分型
1.短段小肠型：剩余小肠长度通常在100-200cm之间。此型患者一般仍具有一定的消化吸收功能，但可能会出现一些营养吸收障碍相关的表现，如轻度的腹泻、营养物质吸收不良等，在儿童群体中，由于其自身的生长发育需求，可能会影响身高、体重等的正常增长，需要密切关注营养状况。
2.长段小肠缺失型：剩余小肠长度在50-100cm之间。患者的消化吸收功能会进一步受到影响，腹泻等症状可能会较为明显，营养物质丢失增多，对于年龄较小的患儿，可能会出现严重的营养不良，影响其正常的生理功能和生长发育，需要更积极地进行营养支持等干预措施。
3.极短段小肠型：剩余小肠长度小于50cm。患者的消化吸收功能严重受损，常出现严重的腹泻、脱水、电解质紊乱以及严重的营养不良等情况，在婴幼儿等特殊人群中，生存面临较大挑战，需要多学科的综合治疗，包括长期的肠内营养支持、肠外营养支持等，并且要密切监测各项生命体征和营养指标。
二、按功能状态分型
1.代偿性短肠综合征：剩余小肠虽然较短，但通过肠道的代偿机制，能够基本满足机体对营养物质的需求，患者可能仅有轻微的消化吸收异常表现，如偶尔的大便性状改变等，一般不影响正常的生活和基本的营养状况，在成人中若病情稳定，可能能够维持相对正常的生活，但仍需定期监测营养指标和肠道功能变化。
2.失代偿性短肠综合征：剩余小肠无法通过代偿机制满足机体对营养物质的需求，患者会出现明显的营养吸收障碍相关症状，如严重腹泻、体重下降、营养不良、电解质紊乱等，在儿童中会严重影响其生长发育，需要及时采取有效的营养支持等治疗措施来改善病情，否则可能会导致严重的并发症，如生长迟缓、免疫力低下等。
