婴儿急性肠炎的病因包括感染因素和非感染因素。感染因素有病毒（轮状病毒、诺如病毒等）、细菌（致病性大肠杆菌、空肠弯曲菌、耶尔森菌等）、寄生虫（蓝氏贾第鞭毛虫）感染；非感染因素包含饮食（喂养不当、食物过敏）和气候（腹部受凉、天气过热）导致的消化功能紊乱。
细菌感染：致病性大肠杆菌是引起婴儿急性肠炎的常见细菌，分为产毒性大肠杆菌、侵袭性大肠杆菌、致病性大肠杆菌、出血性大肠杆菌和黏附-集聚性大肠杆菌等。产毒性大肠杆菌可产生不耐热肠毒素和耐热肠毒素，前者激活肠黏膜细胞内的腺苷酸环化酶，使三磷酸腺苷（ATP）转变为环磷酸腺苷（cAMP），后者激活鸟苷酸环化酶，使三磷酸鸟苷（GTP）转变为环磷酸鸟苷（cGMP），两者均使小肠液分泌增加，超过肠道的吸收能力而引起腹泻；侵袭性大肠杆菌则直接侵入小肠或结肠肠上皮细胞，引起肠黏膜炎症反应，导致黏液脓血便。空肠弯曲菌也是常见的引起婴儿急性肠炎的细菌，主要通过污染的食物（如污染的牛奶、肉类等）和水传播，该菌感染后可侵入肠黏膜引起炎症，导致腹泻、腹痛等症状。耶尔森菌也可引起婴儿急性肠炎，多由食用污染的食物引起，该菌可在小肠和结肠繁殖，引起肠黏膜炎症。
寄生虫感染：蓝氏贾第鞭毛虫感染可导致婴儿急性肠炎，该寄生虫主要通过污染的水源传播，虫体附着在小肠黏膜上，引起黏膜炎症和功能紊乱，导致腹泻等症状。
非感染因素
饮食因素：婴儿的消化系统发育尚未成熟，消化酶分泌不足，消化功能较弱。如果喂养不当，如喂养量过多、过少，食物成分突然改变（如从母乳喂养转为人工喂养，或辅食添加不当等），都可能引起肠道功能紊乱，导致急性肠炎。例如，人工喂养的婴儿，如果奶粉调配过浓或过稀，都会影响婴儿的消化吸收，引发腹泻；添加辅食时，过早引入不易消化的食物，如添加大量淀粉类或脂肪类食物，也容易引起胃肠功能紊乱。此外，食物过敏也可引起婴儿急性肠炎，如对牛奶中的蛋白质过敏，摄入含有牛奶蛋白质的食物后，可引起肠道的免疫反应，出现腹泻、呕吐、皮疹等症状。
气候因素：婴儿的腹部容易受凉，寒冷可使肠蠕动增加，天气过热又使消化液分泌减少，这些都可能导致消化功能紊乱，引起急性肠炎。例如，冬季气温较低，婴儿腹部保暖不佳，就容易发生腹泻；夏季天气炎热，婴儿出汗多，若水分补充不足，再加上消化液分泌减少，也容易出现肠道功能紊乱而引发肠炎。
