软骨母细胞瘤原因未完全明确，可能与遗传因素相关（部分软骨母细胞瘤发生可能与遗传基因异常有关，家族有相关病史人群风险升高，儿童青少年需关注）、胚胎发育异常相关（胚胎发育时异常可致软骨细胞发育偏差，孕期母亲不良习惯可能增加胎儿风险，儿童青少年需家长观察骨骼异常表现）、基因突变相关（体细胞基因突变致软骨细胞生长调控失常，长期接触致突变因素人群风险高，儿童青少年因细胞分裂活跃更易出现细胞异常增殖）。
一、遗传因素相关
有研究提示部分软骨母细胞瘤的发生可能与遗传因素存在关联。某些遗传性的基因异常可能会增加患软骨母细胞瘤的风险。例如，一些特定染色体上的基因变异可能影响细胞的正常生长、分化等过程，使得细胞出现异常增殖，进而发展为软骨母细胞瘤。不同性别在遗传易感性上可能没有明显的差异，但家族中有相关遗传病史的人群相对而言患病风险会有所升高。对于儿童和青少年群体，若家族中有软骨母细胞瘤患者，需更加关注自身骨骼的健康状况，定期进行相关检查以便早期发现可能出现的病变。
二、胚胎发育异常
在胚胎发育时期，如果出现异常情况，可能导致软骨细胞的发育出现偏差，从而为软骨母细胞瘤的发生埋下隐患。胚胎在早期的组织分化过程中，某些信号通路出现紊乱，影响了软骨组织的正常形成。这种胚胎发育异常在不同生活方式的人群中并没有明显的特异性差异，但对于母亲在孕期有不良生活习惯，如吸烟、酗酒等的胎儿，可能会增加胚胎发育异常的概率，进而增加出生后患软骨母细胞瘤的风险。对于处于生长发育阶段的儿童，胚胎发育异常导致的软骨母细胞瘤可能会在儿童期或青少年期逐渐显现出来，需要家长密切观察孩子骨骼部位的异常表现，如是否有疼痛、肿胀、肿块等情况。
三、基因突变相关
体细胞的基因突变也可能引发软骨母细胞瘤。在个体生长发育过程中，由于受到外界因素（如辐射、某些化学物质等）的影响，软骨细胞的基因发生突变，使得细胞的生长调控机制失常。例如，一些原癌基因被激活或者抑癌基因发生失活等情况，都可能导致软骨细胞无序增殖，形成肿瘤。不同生活方式的人群接触外界致突变因素的概率不同，长期暴露在辐射环境下的人群（如放射科工作人员等）或者长期接触某些化学污染物的人群，患软骨母细胞瘤的风险相对较高。对于不同年龄的人群，儿童和青少年由于身体处于生长阶段，细胞分裂较为活跃，相对而言在受到基因突变相关因素影响时，更易出现细胞的异常增殖情况。
