肝囊肿的形成原因包括先天性和后天性因素。先天性因素主要是胚胎发育时肝内胆管发育异常致胆管局部扩张形成囊肿，多为多发性且可能与遗传有关；后天性因素有创伤因素（腹部外伤或医源性创伤致肝内小胆管破裂胆汁潴留形成囊肿）、炎症因素（胆管炎症或寄生虫感染引发胆管狭窄扩张形成囊肿）以及其他后天因素（年龄增长使肝脏结构功能变化易致胆管局部扩张，代谢因素可能影响肝脏内胆管正常代谢过程增加发生率）。
一、先天性因素
（一）肝内胆管发育异常
胚胎发育时期，肝内胆管的发育出现异常情况，导致胆管局部扩张形成囊肿。这种先天性的发育问题在胎儿时期就已存在，是肝囊肿较为常见的原因之一，且多为多发性肝囊肿，可能与遗传因素有一定关联，若家族中有肝囊肿患者，其后代发生先天性肝囊肿的风险相对较高。
二、后天性因素
（一）创伤因素
1.腹部外伤：当腹部受到严重的撞击等外伤时，可能会导致肝脏组织受损，进而引起肝内小胆管破裂，胆汁潴留形成囊肿。例如，车祸中腹部受到猛烈撞击，就有可能引发这种情况，多见于有明确腹部外伤病史的人群。
2.医源性创伤：在一些肝脏相关的手术操作过程中，如肝穿刺活检等，如果操作不当，可能会损伤肝内胆管，导致胆汁积聚形成囊肿。这类情况多与手术操作的精细程度和医生的操作水平有关，手术中对胆管的轻微损伤未被及时发现和妥善处理，就可能逐渐发展为肝囊肿。
（二）炎症因素
1.胆管炎症：胆道系统发生炎症时，如胆管炎，炎症刺激可导致胆管狭窄，胆汁排出不畅，进而使胆管扩张形成囊肿。慢性的胆管炎症长期刺激，会逐渐影响胆管的正常结构和功能，增加肝囊肿的发生风险。例如，患有反复发作的胆管炎的患者，比一般人群更容易出现肝囊肿。
2.寄生虫感染：某些寄生虫感染也可能引发肝囊肿，如肝包虫病。细粒棘球绦虫的幼虫寄生在肝脏内，会引起组织的免疫反应，形成囊肿样病变。在一些畜牧区，由于接触寄生虫感染源的机会较多，肝包虫病导致的肝囊肿较为常见，患者多有在流行地区生活或接触过受感染动物的病史。
（三）其他后天因素
1.年龄增长：随着年龄的增加，肝脏的结构和功能会逐渐发生变化，胆管壁的弹性可能下降，更容易出现局部扩张形成囊肿，这也是老年人相对更容易发生肝囊肿的一个因素。
2.代谢因素：某些代谢相关的异常可能与肝囊肿的形成有关，虽然具体机制尚不完全明确，但有研究发现，代谢紊乱可能影响肝脏内胆管的正常代谢过程，从而增加肝囊肿的发生几率。例如，患有某些代谢性疾病的患者，其肝囊肿的发生率可能高于正常人群。
