胃肠道间质瘤（GIST）发生与基因突变密切相关，主要是c-KIT基因（约85%-90%患者存在突变）和PDGFRA基因（约5%-10%患者存在突变）突变致细胞异常增殖；还与年龄（多见于50-80岁人群）、性别（无显著特异性病因学差异）、生活方式（不健康生活方式可能间接增加风险）、病史（有罕见遗传性综合征病史者患病风险高）等因素有关。
一、基因突变相关因素
胃肠道间质瘤（GIST）的发生与基因突变密切相关，其中最主要的是c-KIT基因和血小板衍生生长因子受体α（PDGFRA）基因的突变。
c-KIT基因：约85%-90%的GIST患者存在c-KIT基因的突变，该基因编码的蛋白是一种受体酪氨酸激酶，突变可导致其持续激活，进而促进细胞的增殖、存活等，使得胃肠道间质细胞发生异常增殖形成肿瘤。这种突变在不同年龄、性别人群中均可能发生，生活方式一般与之无直接关联，但有相关基因突变家族史的人群患病风险可能增加。
PDGFRA基因：约5%-10%的GIST患者存在PDGFRA基因的突变，同样会影响受体酪氨酸激酶的功能，导致细胞异常增殖，引发GIST。其发病机制与c-KIT基因突变类似，在不同年龄、性别群体中均可出现，目前也未发现明确的生活方式与之有直接的诱发关系，但家族中有相关基因突变病史的人群需格外关注。
二、其他潜在因素
年龄因素：GIST可发生于各个年龄段，但多见于50-80岁的人群，随着年龄增长，细胞发生突变等异常改变的概率可能增加，所以老年人相对更易患GIST。
性别因素：目前研究显示，男性和女性在GIST发病上并无显著的性别差异导致的特异性病因学差异，但不同性别的个体在整体健康状况、激素水平等方面的差异可能间接影响疾病的发生发展过程，不过这并非是导致GIST发生的直接病因。
生活方式因素：虽然目前没有确凿证据表明特定的生活方式如饮食、运动等直接引发GIST，但不健康的生活方式可能会影响整体身体的代谢和细胞的稳定性，间接可能对基因的调控等产生一定影响，从而在一定程度上增加患病风险。例如长期高脂、高糖饮食可能影响身体的内分泌和代谢平衡，而长期缺乏运动可能导致身体免疫力等下降，这些都可能为细胞的异常增殖等提供一定的内环境基础，但这并非是直接的病因，只是可能的间接影响因素。
病史因素：一些罕见的遗传性综合征可能与GIST的发生相关，如神经纤维瘤病1型等，有此类遗传性综合征病史的人群，由于基因等方面存在先天性的异常，患GIST的风险明显高于正常人群。
