结肠息肉的发生受多种因素影响，遗传因素方面家族性腺瘤性息肉病等遗传综合征会增加风险；炎症刺激如溃疡性结肠炎等慢性炎症会致息肉形成；生活方式中高脂低纤维饮食、吸烟饮酒等有影响；年龄上40岁以上发生率高，性别上男性略高但与生活习惯相关；肠道菌群失调、肥胖等也会对结肠息肉发生产生作用。
炎症刺激
长期的肠道炎症，例如溃疡性结肠炎、克罗恩病等慢性肠道炎症性疾病，肠道黏膜在炎症反复刺激下，上皮细胞会异常修复，进而导致息肉形成。炎症会使肠道局部的细胞因子分泌失衡，促进细胞增殖，同时抑制细胞凋亡，使得息肉有机会生长，这类患者除了结肠息肉外，还会有腹痛、腹泻等炎症相关症状，需要积极控制肠道炎症来降低息肉发生风险。
生活方式因素
饮食方面：长期高脂、低纤维饮食是结肠息肉的危险因素。高脂饮食会改变肠道内环境，影响胆汁酸代谢，胆汁酸在肠道内蓄积可能刺激结肠黏膜；而低纤维饮食会使粪便通过肠道的速度减慢，肠道黏膜与致癌物质接触时间延长，增加息肉发生几率。例如，西方发达国家高脂、低纤维饮食结构普遍，其结肠息肉及结肠癌发病率相对较高。
吸烟与饮酒：吸烟会使肠道黏膜血管收缩，影响黏膜的血液循环和营养供应，同时烟草中的有害物质会损伤肠道细胞DNA，增加基因突变的可能性；过量饮酒会损伤肝脏功能，影响胆汁分泌和代谢，进而间接影响肠道对有害物质的处理，长期饮酒者结肠息肉发生率较不饮酒者高。
年龄与性别因素
年龄：随着年龄增长，结肠黏膜上皮细胞更新修复能力下降，肠道内环境逐渐趋于不稳定，结肠息肉的发生率逐渐升高。一般40岁以上人群结肠息肉的检出率明显高于年轻人，这可能与长期的肠道损伤累积有关，年龄越大，肠道受到各种因素影响的时间越长，息肉发生风险越高。
性别：一般来说，男性结肠息肉的发生率略高于女性，但差异并非绝对，不过男性在一些不良生活方式的影响上可能相对更明显，比如男性吸烟、饮酒比例可能较高，从而在一定程度上增加了结肠息肉的发生风险，但这也与个体的具体生活习惯密切相关，不能单纯以性别来绝对判断。
其他因素
肠道菌群失调：正常的肠道菌群对维持肠道黏膜的正常功能起着重要作用，当肠道菌群失调时，有害菌增多，有益菌减少，可能会影响肠道的免疫功能和代谢功能，导致结肠黏膜容易发生异常增殖形成息肉。例如，某些抗生素的不合理使用会破坏肠道菌群平衡，增加结肠息肉发生的可能性。
肥胖：肥胖患者往往存在胰岛素抵抗等代谢紊乱情况，胰岛素样生长因子-1水平升高，而胰岛素样生长因子-1能够刺激细胞增殖，促进结肠息肉的形成，肥胖还会改变胆汁酸代谢，进一步影响肠道环境，使得肥胖人群结肠息肉发生率高于正常体重人群。
