凌晨胃疼可能由十二指肠溃疡、胃食管反流病、饮食因素、神经因素等引起，十二指肠溃疡患者空腹时胃酸刺激损伤黏膜致凌晨疼，年轻人长期不规律等易患；胃食管反流病者平卧位胃酸易反流刺激食管致凌晨疼，老年人等易患；晚餐不当刺激胃黏膜可致凌晨疼，不同年龄人群均可能受饮食因素影响；神经因素方面，有基础胃病及精神压力大人群易因神经敏感性高在凌晨表现出胃疼。
一、十二指肠溃疡相关
十二指肠溃疡是导致凌晨胃疼较为常见的原因之一。在空腹状态下，胃酸会进入十二指肠，而十二指肠溃疡患者的十二指肠黏膜存在损伤，胃酸的刺激就容易引发疼痛。研究表明，约有2/3的十二指肠溃疡患者会出现空腹痛，疼痛多在凌晨时分发作，其疼痛特点往往是空腹时疼痛明显，进食后可缓解。对于不同年龄层的人群，十二指肠溃疡都可能发生，年轻人若长期饮食不规律、精神压力大等，容易患上十二指肠溃疡从而出现凌晨胃疼；老年人身体机能下降，也可能因多种因素导致十二指肠溃疡而在凌晨出现胃疼情况。性别方面，并没有明显的性别差异导致更容易在凌晨出现十二指肠溃疡相关的胃疼，但不同生活方式的人群，如长期吸烟、酗酒、饮食偏好辛辣刺激食物的人，患十二指肠溃疡的风险更高，进而更易在凌晨出现胃疼。
二、胃食管反流病相关
胃食管反流病也可能引发凌晨胃疼。睡眠时，人体处于平卧位，这使得胃酸更容易反流至食管，刺激食管黏膜，从而引起疼痛。胃食管反流病患者的食管下括约肌功能出现障碍，导致胃酸反流。各个年龄段的人群都可能患有胃食管反流病，老年人由于食管下括约肌松弛等生理变化更容易患病，进而在凌晨出现胃疼。生活方式上，肥胖人群、长期高脂饮食者、吸烟饮酒者患胃食管反流病的几率更高，也更易在凌晨出现胃疼症状。
三、饮食因素相关
如果晚餐进食过多、过晚，或者食用了一些刺激性食物，如辛辣食物、咖啡、巧克力等，也可能导致凌晨胃疼。例如，晚餐吃了大量辛辣食物，会对胃黏膜产生刺激，即使在睡眠中，胃黏膜仍受到刺激影响，从而引发凌晨胃疼。不同年龄的人群，若有不良的晚餐饮食方式，都可能出现这种情况，年轻人可能因社交等原因晚餐不规律，老年人若有不良饮食习惯也可能出现类似问题，性别上无明显差异，但不同生活方式下，饮食不规律的人群更易受此影响。
四、神经因素相关
人体的神经调节在夜间也有一定变化，一些人的神经敏感性在凌晨时可能相对较高，若胃部本身有轻微的不适基础，就容易在凌晨表现出胃疼症状。对于有基础胃部疾病的人群，神经因素可能会加重凌晨时的胃疼感受。不同年龄层中，精神压力较大的人群，神经调节更容易出现紊乱情况，从而更易在凌晨因神经因素导致胃疼，比如年轻人工作压力大、老年人精神上有一些焦虑等情况，都可能通过神经因素影响胃部，导致凌晨胃疼。
