药物流产存在多种危害，包括约10%左右的流产不全风险，可致阴道大量出血、贫血、宫腔感染等，尤其年龄偏大、有多次宫腔操作史者风险高；阴道出血时间长易超1-2周甚至更久，增加感染风险，生活方式不规律、有妇科基础疾病者更易受影响；还可能因操作不规范或卫生不佳引发感染，影响生殖系统致不孕不育，吸烟饮酒、有盆腔炎病史者风险高；米非司酮等药物会影响内分泌致月经紊乱，年轻、有内分泌疾病基础者更易受影响；少数女性可能对药物过敏，有过敏史者需谨慎，无过敏史者也需密切观察。
流产不全：药物流产有一定的失败概率，约10%左右。若出现流产不全，宫腔内有残留的妊娠组织，会引起阴道大量出血，出血时间长还可能导致贫血、宫腔感染等情况。例如有研究显示，药物流产后残留需要清宫处理的发生率在5%-10%。对于不同年龄的女性，尤其是年龄偏大、子宫收缩功能相对较弱的女性，发生流产不全的风险可能相对更高；有过多次宫腔操作史（如人工流产）的女性，子宫腔环境受影响，也更易出现流产不全。
阴道出血时间长：一般药物流产后阴道出血时间会持续1-2周，甚至更长时间。长时间的阴道出血会增加感染的风险，感染可上行引起子宫内膜炎、盆腔炎等，严重时可能影响以后的生育功能。比如，阴道出血超过2周的女性，发生盆腔炎的风险比出血时间正常的女性高3-5倍。对于生活方式不规律、本身有贫血倾向的女性，阴道出血时间长会进一步加重贫血状况；而有妇科基础疾病（如阴道炎）的女性，更容易在药物流产后因阴道出血时间长而引发感染。
感染风险：如前面所说，阴道出血时间长易导致宫腔感染，另外，药物流产过程中如果操作不规范或者女性自身卫生状况不佳等，也可能引起感染。感染可影响生殖系统健康，对以后怀孕造成不良影响，比如引发输卵管炎，导致输卵管堵塞，进而引起不孕不育。对于有吸烟、饮酒等不良生活方式的女性，身体抵抗力相对较低，发生药物流产后感染的风险会增加；有过盆腔炎病史的女性，再次药物流产时感染复发的风险也更高。
对内分泌的影响：米非司酮等药物流产的药物会影响女性的内分泌系统，可能导致月经紊乱，出现月经周期改变、月经量异常等情况。一般这种内分泌紊乱在药物流产后3个月左右可逐渐恢复，但也有部分女性恢复时间较长。年轻女性如果本身内分泌调节功能尚不稳定，药物流产后更易出现明显的月经紊乱；而有内分泌疾病基础（如多囊卵巢综合征）的女性，药物流产后内分泌紊乱可能会加重原有病情。
过敏反应：少数女性可能对药物流产所用的药物成分过敏，轻者出现皮疹、瘙痒等，重者可能发生过敏性休克，危及生命。有药物过敏史的女性在进行药物流产前需要格外谨慎，要提前告知医生过敏史，以便医生采取相应的防范措施；而没有过敏史的女性也不能完全掉以轻心，在药物流产过程中要密切观察自身情况。
