慢性溃疡性结肠炎的发生与遗传因素、免疫系统异常、肠道菌群失调、环境因素相关。遗传具易感性；肠道免疫失衡致持续炎症；菌群失调破坏肠道功能；饮食刺激、感染等环境因素可诱发。不同年龄人群在各因素影响下患病风险不同，不良生活方式会增加患病几率。
免疫系统异常
肠道免疫失衡：人体的肠道免疫系统在维持肠道内环境稳定中起着关键作用。在慢性溃疡性结肠炎患者中，肠道免疫系统出现异常激活。肠道黏膜的免疫细胞，如淋巴细胞、巨噬细胞等功能失调。例如，辅助性T细胞（Th）的平衡被打破，Th1、Th2及Th17等细胞亚群的失衡可能导致肠道持续的炎症反应。在不同性别中，女性和男性在免疫系统的调节机制上可能存在一定差异，但这并不改变肠道免疫失衡是导致慢性溃疡性结肠炎的重要因素这一事实。对于生活方式不健康，如长期精神压力大、饮食不规律的人群，更容易出现免疫系统的紊乱，进而增加患病风险。有肠道感染病史的人群，肠道免疫系统可能受到过损伤，后续也可能更容易发生慢性溃疡性结肠炎，在儿童群体中，如果有肠道感染未得到良好控制，也可能为慢性溃疡性结肠炎的发生埋下隐患。
肠道菌群失调
正常的肠道菌群对维持肠道的正常功能至关重要。慢性溃疡性结肠炎患者往往存在肠道菌群失调。有益菌的数量减少，而条件致病菌等有害菌的数量相对增多。例如，一些厌氧菌的数量可能大幅下降，而大肠杆菌等可能过度增殖。肠道菌群失调会影响肠道的屏障功能、免疫调节等。不同年龄阶段的人群肠道菌群的组成和功能有所不同，儿童的肠道菌群尚在发育过程中，相对脆弱，更容易受到外界因素影响而导致菌群失调；老年人肠道菌群也会随着年龄增长而发生变化，肠道菌群失调在老年人中也较为常见。生活方式中不合理的饮食结构，如长期高脂、高糖、低纤维饮食，会破坏肠道菌群的平衡；长期使用抗生素等药物也可能导致肠道菌群失调，这些因素都可能增加慢性溃疡性结肠炎的发病风险。
环境因素
饮食因素：长期食用某些刺激性食物可能与慢性溃疡性结肠炎的发生有关。例如，长期大量摄入辛辣食物、油炸食品等，可能会刺激肠道黏膜，导致肠道黏膜的损伤和炎症反应的加重。不同性别对饮食刺激的耐受程度可能有差异，但总体而言，不良的饮食结构都是危险因素。儿童如果长期摄入不健康的食物，会影响肠道的正常发育和功能，增加患病风险；老年人饮食结构不合理也会影响肠道健康。
感染因素：某些肠道感染可能是慢性溃疡性结肠炎的诱发因素。例如，一些细菌、病毒或寄生虫感染肠道后，可能会引发肠道的免疫反应，导致肠道黏膜的慢性炎症。不同年龄段的人群感染的病原体可能有所不同，儿童容易感染轮状病毒等，而成年人可能更容易感染大肠杆菌等。感染后如果没有得到彻底治疗，可能会转为慢性，进而发展为慢性溃疡性结肠炎。生活在卫生条件较差环境中的人群，感染的几率相对较高，患病风险也相应增加。
