儿童骨髓增生异常综合征（MDS）病因未完全明确，可能与遗传因素（染色体异常、家族遗传倾向）、环境因素（辐射暴露、化学物质接触）、病毒感染有关，遗传因素中染色体异常及家族遗传病史可致造血异常；环境因素里辐射（医疗、职业环境）、化学物质（化疗药物、其他毒物）可损伤造血相关机制；病毒感染可能通过多种机制影响造血致MDS发生。
一、遗传因素
1.染色体异常：部分患儿存在染色体数目或结构的异常，如5号、7号染色体长臂缺失等染色体畸变。研究表明，染色体异常会影响骨髓造血干细胞的正常增殖、分化等功能，从而增加患MDS的风险。例如，有研究发现约30%-40%的儿童MDS患者存在染色体数目或结构的改变，这些异常改变干扰了造血相关基因的表达和调控，导致骨髓造血出现异常。
2.家族遗传倾向：某些遗传性疾病可能与儿童MDS的发生相关，若家族中有相关遗传病史，儿童患MDS的概率可能相对较高。比如，范可尼贫血等遗传性疾病，其患者发生MDS的风险明显高于正常人群，这类疾病往往存在特定的基因缺陷，遗传给下一代后，使儿童容易出现骨髓造血系统的异常。
二、环境因素
1.辐射暴露：
医疗辐射：儿童时期接受过胸部、腹部等部位的放射性治疗，如因其他恶性肿瘤进行过放疗，会增加患MDS的风险。这是因为电离辐射可以损伤骨髓造血干细胞和骨髓微环境，导致DNA损伤，影响造血干细胞的增殖和分化，使造血细胞出现异常克隆性增殖。例如，有研究显示，接受过胸部放疗的儿童，发生MDS的风险比未接受过放疗的儿童高出数倍。
职业或环境辐射：长期处于辐射污染的环境中，如生活或工作在核辐射污染区域附近，儿童接触辐射的机会增加，也可能诱发MDS。辐射会引起骨髓细胞的基因突变和染色体畸变，破坏正常的造血调控机制。
2.化学物质接触：
化疗药物：既往因血液系统疾病或其他恶性肿瘤接受过烷化剂等化疗药物治疗的儿童，后续发生MDS的风险增加。化疗药物可能通过直接损伤骨髓造血干细胞的DNA，导致干细胞的恶性转化。例如，接受过含有烷化剂化疗方案的儿童，几年后发生MDS的几率较未接受过此类化疗的儿童显著升高。
其他化学毒物：长期接触苯及其衍生物、甲醛等化学毒物的儿童，患MDS的可能性增大。这些化学物质可以干扰骨髓造血细胞的代谢过程，影响细胞的增殖、分化和凋亡，破坏骨髓的正常造血功能。
三、病毒感染
某些病毒感染可能与儿童MDS的发病有关。例如，EB病毒、人类T淋巴细胞病毒-1（HTLV-1）等感染可能影响骨髓造血细胞的功能。病毒感染可以通过多种机制导致造血干细胞的异常，如引起免疫调节紊乱，间接影响造血微环境，或者直接整合到宿主细胞基因组中，改变基因的表达和功能，从而诱发骨髓造血的异常克隆，最终导致MDS的发生。但目前关于病毒感染与儿童MDS确切的因果关系还需要更多深入的研究来明确。
