单纯性肝囊肿病因包括先天性和后天性因素，先天性因素有胚胎发育异常（如肝内迷走胆管形成潴留性囊肿、胆管板畸形）；后天性因素有创伤（腹部外伤致肝内胆管梗阻胆汁潴留形成囊肿）、炎症（慢性病毒性肝炎、自身免疫性肝炎等长期炎症刺激致胆管引流异常胆汁潴留形成囊肿）、寄生虫感染（肝包虫病致局部组织反应形成囊肿样病变）。
一、先天性因素
1.胚胎发育异常
在胚胎发育时期，肝内胆管和淋巴管的发育出现异常可能导致单纯性肝囊肿的形成。例如，胚胎时期肝内迷走胆管的存在，随着时间推移，这些迷走胆管逐渐形成潴留性囊肿。这种先天性的发育异常在不同年龄阶段都可能存在，从儿童到成人都有发生的可能，且没有明显的性别差异，但在一些有家族遗传倾向的个体中可能更易出现相关的胚胎发育异常情况。对于儿童患者，先天性因素导致的肝囊肿可能在出生后就已经存在一定的病理基础，但可能在初期较小而未被发现，随着身体的生长发育逐渐显现。
2.胆管板畸形
胆管板是胚胎发育过程中形成胆管系统的重要结构，胆管板畸形会干扰正常胆管的形成，进而引发肝内胆管的局部扩张，最终形成单纯性肝囊肿。这种畸形的发生与胚胎发育早期的基因调控等因素有关，可能受到遗传因素的部分影响，有家族史的人群相对其他人群可能具有更高的胆管板畸形发生风险，从而增加单纯性肝囊肿的发病几率。
二、后天性因素
1.创伤
腹部受到外伤时，如交通事故中的腹部撞击、高处坠落等导致的腹部创伤，可能会引起肝脏组织的损伤，进而影响肝内胆管等结构，导致局部胆管出现梗阻等情况，使胆汁潴留形成囊肿。这种情况在有明确腹部创伤病史的人群中更易发生，不同性别在遭受相同程度腹部创伤时，发生单纯性肝囊肿的风险并没有明显差异，但如果是儿童遭受腹部创伤，由于儿童肝脏相对娇嫩，创伤后更易引发后续的胆管等结构的病理改变，需要更密切的观察。
2.炎症
肝脏的慢性炎症，如慢性乙型肝炎、丙型肝炎等病毒性肝炎，或者自身免疫性肝炎等，长期的炎症刺激会导致肝内胆管上皮细胞的增生、变性等改变，影响胆管的正常引流，使胆汁在局部潴留形成囊肿。在患有慢性病毒性肝炎的人群中，由于病毒持续对肝脏的损伤，炎症持续存在，增加了单纯性肝囊肿的发病风险。对于女性患者，自身免疫性肝炎相对男性可能有一定的发病差异，女性发病率相对较高，所以在自身免疫性肝炎相关的炎症因素导致单纯性肝囊肿方面，女性可能需要更关注自身免疫性肝炎的控制以降低肝囊肿发生风险。
3.寄生虫感染
如肝包虫病，是由细粒棘球绦虫的幼虫感染引起，幼虫在肝脏内寄生，会引起局部组织的反应，形成囊肿样病变。这种情况在有牧区生活史或者接触过受感染动物的人群中较为常见，不同性别在感染风险上没有明显差异，但儿童如果进入流行区域，由于免疫力相对较低，感染肝包虫病进而引发单纯性肝囊肿样病变的风险可能增加，需要避免接触可能受污染的环境和动物。
