甲状腺功能减退的发生与自身免疫性疾病（如桥本甲状腺炎等）、甲状腺手术、放射性碘治疗、药物因素及先天性因素等有关，自身免疫性疾病可致甲状腺受攻击，甲状腺手术切除范围大易引发，放射性碘治疗可能过度破坏甲状腺组织，某些药物影响甲状腺激素合成或作用，先天性甲状腺发育异常致激素合成不足，需重视相关情况及早期筛查干预。
其他自身免疫性疾病相关：如1型糖尿病、系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病，也可能伴随甲状腺功能减退的发生。这些疾病的自身免疫反应可能波及甲状腺，影响其正常功能。
甲状腺手术相关
甲状腺切除手术：如果因甲状腺良性疾病（如甲状腺腺瘤、结节性甲状腺肿等）或恶性肿瘤进行了甲状腺部分或全部切除手术，术后甲状腺组织减少，甲状腺激素的合成和分泌能力下降，就容易引发甲状腺功能减退。手术的范围和方式会影响甲状腺功能减退发生的概率，切除范围越大，发生甲状腺功能减退的可能性越高。对于接受甲状腺手术的患者，尤其是儿童和青少年，术后需要密切监测甲状腺功能，因为儿童甲状腺组织较少，手术对其甲状腺功能的影响可能更为显著，且儿童处于生长发育阶段，甲状腺激素缺乏会影响其生长发育和智力发育等。
放射性碘治疗相关
甲亢的放射性碘治疗：对于甲状腺功能亢进症患者，使用放射性碘-131治疗时，放射性碘会破坏甲状腺组织，虽然其目的是破坏过多的甲状腺组织以治疗甲亢，但可能会导致甲状腺组织被过度破坏，从而引起甲状腺功能减退。治疗后的时间是一个关键因素，一般在治疗后的几个月到几年内可能逐渐出现甲状腺功能减退。不同个体对放射性碘治疗的反应不同，有些患者可能较快出现甲状腺功能减退，而有些患者可能在较长时间后才出现。年龄方面，老年患者可能相对更易在放射性碘治疗后发生甲状腺功能减退，因为其甲状腺组织的代偿能力相对较弱。
药物因素相关
某些药物影响：一些药物可能会影响甲状腺激素的合成或作用。例如，胺碘酮，它含有碘元素，长期服用可能干扰甲状腺激素的代谢，导致甲状腺功能减退。锂剂等药物也可能影响甲状腺功能，引起甲状腺功能减退。在用药过程中，需要密切关注甲状腺功能的变化，尤其是长期服用可能影响甲状腺功能药物的患者，如患有其他疾病需要长期服用胺碘酮等药物的患者，要定期检查甲状腺功能。对于儿童患者，由于其身体处于特殊的生长发育阶段，使用可能影响甲状腺功能的药物时需要更加谨慎，因为药物对儿童甲状腺功能的影响可能会对其生长、发育、智力等多方面产生长期影响。
先天性因素相关
先天性甲状腺发育异常：胎儿在发育过程中甲状腺发育出现异常，如甲状腺缺如、异位甲状腺等，会导致甲状腺激素合成不足。这是由于胚胎时期甲状腺发育的相关基因异常等因素引起的。先天性甲状腺功能减退如果不及时发现和治疗，会严重影响儿童的生长发育，导致身材矮小、智力低下等，所以新生儿筛查非常重要，通过新生儿足跟血检查可以早期发现先天性甲状腺功能减退，及时进行干预治疗，以保障儿童的正常生长发育。
