自身免疫性肝病检查包括血液生化检查（含肝功能指标、血清蛋白）、自身抗体检测（抗核抗体、抗平滑肌抗体、抗肝肾微粒体抗体、抗可溶性肝抗原/肝胰抗原抗体等）、肝脏影像学检查（腹部超声、磁共振成像及磁共振弹性成像）、肝活检（金标准之一，有创需谨慎），特殊人群检查需考虑其生理特点及合并疾病等因素。
肝功能指标：丙氨酸氨基转移酶（ALT）、天冬氨酸氨基转移酶（AST）等转氨酶常升高，反映肝细胞受损情况。总胆红素、直接胆红素等指标可提示胆红素代谢异常，自身免疫性肝病活动时可能升高。例如，相关研究表明自身免疫性肝炎患者中约有一定比例存在转氨酶的显著升高。
血清蛋白：白蛋白可能降低，球蛋白尤其是γ-球蛋白常升高，这是因为自身免疫反应会导致免疫球蛋白合成增加，自身免疫性肝病患者中球蛋白升高较为常见。
自身抗体检测：
抗核抗体（ANA）：是自身免疫性肝病中常见的自身抗体，在自身免疫性肝炎等疾病中阳性率较高，不同亚型的ANA对疾病诊断有一定提示作用，如核膜型ANA在自身免疫性肝炎Ⅰ型中多见。
抗平滑肌抗体（SMA）：也是自身免疫性肝炎的重要抗体，尤其在儿童自身免疫性肝炎患者中阳性率较高，其阳性与疾病的活动度可能相关。
抗肝肾微粒体抗体（LKM）：抗LKM-1多见于自身免疫性肝炎Ⅱ型，抗LKM-2与药物性狼疮等相关，检测抗LKM抗体有助于自身免疫性肝病的分型诊断。
抗可溶性肝抗原/肝胰抗原抗体（SLA/LP）：是自身免疫性肝炎Ⅰ型的特异性抗体，阳性率相对较高，对自身免疫性肝炎的诊断有重要价值。
肝脏影像学检查：
腹部超声：可观察肝脏的大小、形态、实质回声等情况，自身免疫性肝病患者可能出现肝脏肿大、实质回声不均匀等表现，但超声对自身免疫性肝病的特异性诊断价值有限，主要用于初步筛查和排除其他肝脏病变，如肝硬化、肝内占位等情况。
磁共振成像（MRI）和磁共振弹性成像（MRE）：MRI能更清晰地显示肝脏的结构细节，对于鉴别肝脏病变有一定帮助。MRE可以评估肝脏的硬度，反映肝纤维化的程度，在自身免疫性肝病肝纤维化评估中具有一定应用价值，尤其对于儿童患者，MRI相对CT辐射较小，是较为安全的检查方式。
肝活检：
肝活检是诊断自身免疫性肝病的金标准之一。通过获取肝脏组织进行病理检查，可以明确肝脏炎症活动度、纤维化程度以及病理类型等。对于一些临床表现不典型或其他检查难以明确诊断的患者，肝活检尤为重要。但肝活检是有创检查，存在一定风险，如出血等，在儿童中需谨慎操作，充分评估风险后进行。例如，通过肝活检可以观察到自身免疫性肝炎特征性的界面炎等病理改变。
特殊人群方面，儿童自身免疫性肝病患者在检查时需考虑儿童的生理特点，如儿童对疼痛的耐受性较差，在进行肝活检等有创检查时需做好安抚和准备工作；妊娠期自身免疫性肝病患者进行检查时要考虑到药物或检查对胎儿的影响，尽量选择对胎儿影响小的检查方法，如优先选择无创或对胎儿辐射小的检查项目等；老年自身免疫性肝病患者可能合并其他基础疾病，在检查时要评估其心、肝、肾等重要脏器功能，选择耐受性好的检查方式，如对于肾功能不全的患者，要考虑造影剂等对肾功能的影响，选择合适的影像学检查方法。
