甲状腺功能减退对全身多系统有广泛影响，代谢方面致代谢率降低、体重增加、血脂异常等，儿童还影响生长发育；心血管系统致心率减慢、可能引发心包积液等；消化系统致胃肠蠕动减慢、出现食欲减退等症状；成人神经系统致记忆力减退等，儿童则影响智力发育；女性生殖系统致月经紊乱、影响受孕等，妊娠期还影响胎儿神经发育；男性生殖系统致性欲减退等；皮肤出现干燥粗糙等，肌肉骨骼系统致肌肉乏力等。
心血管系统：心率减慢是常见表现，甲状腺激素能增强心肌收缩力、加快心率，甲状腺功能减退时心肌收缩力减弱，心率下降。长期甲状腺功能减退还可能引发心包积液，超声心动图等检查可发现心包腔内有液性暗区。对于老年患者，心血管系统本身就存在一定的退行性变化，甲状腺功能减退对心血管的不良影响可能会进一步加重心脏负担，增加心力衰竭等严重心血管事件的发生风险。
消化系统：胃肠蠕动减慢，患者常出现食欲减退、腹胀、便秘等症状。甲状腺激素能促进胃肠蠕动，甲状腺功能减退时胃肠蠕动功能减弱，食物在胃肠道内停留时间延长，消化吸收功能受到影响。在儿童甲状腺功能减退患者中，消化系统的异常会影响营养物质的摄入和吸收，进而影响生长发育所需营养的供应。
对神经系统的影响
成人神经系统：患者可能出现记忆力减退、注意力不集中等表现，严重时还可能出现抑郁、嗜睡等精神症状。甲状腺激素对神经系统的发育和功能维持有重要作用，甲状腺功能减退时，神经系统的兴奋性降低，影响神经细胞的代谢和功能。老年患者由于神经系统本身的老化，甲状腺功能减退对神经系统的不良影响可能更为明显，更容易出现认知功能障碍等问题。
儿童神经系统：甲状腺功能减退对儿童神经系统的发育影响极大，可导致智力发育迟缓、学习能力下降等。甲状腺激素是胎儿和新生儿脑发育的关键激素，在胎儿期和婴幼儿期甲状腺功能减退，会影响神经细胞的增殖、分化以及髓鞘形成等过程，从而严重影响儿童的智力和神经行为发育。
对生殖系统的影响
女性生殖系统：女性甲状腺功能减退患者可能出现月经紊乱，如月经量增多、经期延长或闭经等。甲状腺激素参与下丘脑-垂体-卵巢轴的调节，甲状腺功能减退会干扰该轴的正常功能，影响性激素的分泌和月经周期的调节。同时，甲状腺功能减退还可能影响受孕概率，即使受孕，流产、早产等不良妊娠结局的发生风险也会增加。在妊娠期甲状腺功能减退，如果没有得到及时有效的治疗，还可能影响胎儿的神经发育，因为胎儿的甲状腺功能在妊娠早期主要依赖母体供应甲状腺激素，母体甲状腺功能减退会导致胎儿甲状腺激素不足，影响胎儿的脑发育。
男性生殖系统：男性甲状腺功能减退患者可能出现性欲减退、勃起功能障碍等，甲状腺激素缺乏会影响雄激素的代谢和分泌，进而影响男性生殖系统的功能。
对皮肤等其他方面的影响
皮肤：皮肤干燥、粗糙是常见表现，甲状腺激素缺乏会影响皮肤的新陈代谢，使皮肤角质层增厚，水分保持能力下降。在儿童甲状腺功能减退患者中，皮肤的异常表现也较为明显，同时还可能伴有毛发干枯、脱落等情况。
肌肉骨骼系统：患者可能出现肌肉乏力、疼痛，跟腱反射减退等。甲状腺激素对肌肉的能量代谢和收缩功能有调节作用，甲状腺功能减退时肌肉的能量产生和利用障碍，导致肌肉乏力等症状。在老年患者中，肌肉骨骼系统本身就存在一定程度的退化，甲状腺功能减退会进一步加重肌肉萎缩、骨质疏松等问题的发生风险，增加骨折的可能性。
