肝囊肿与肝癌可从病史、临床表现、影像学检查、实验室检查等方面区分，肝囊肿部分有家族遗传倾向、起病隐匿、症状轻缓，超声等检查有特定表现，肿瘤标志物等多无异常或轻度异常；肝癌有高危因素、有相应症状、影像学有“快进快出”等强化特点，肿瘤标志物等可有异常，特殊人群区分需结合各自特点综合判断。
一、从病史方面区分
肝囊肿：部分肝囊肿患者可能有家族遗传倾向，比如某些遗传性多囊肝病患者有明确家族史；多数肝囊肿患者起病隐匿，病史中可能无明显与恶性肿瘤相关的高危因素，如长期接触明确致癌物质（如某些工业毒物等）的病史相对较少见。
肝癌：有肝癌高危因素的人群需警惕，例如有乙型肝炎病毒（HBV）或丙型肝炎病毒（HCV）感染病史，尤其是感染时间较长者；长期大量饮酒史，一般指饮酒量折合乙醇量男性≥40g/d，女性≥20g/d，且持续5年以上；有肝硬化病史，无论是乙肝肝硬化、丙肝肝硬化还是酒精性肝硬化等；长期食用被黄曲霉毒素污染的食物等病史。
二、从临床表现区分
肝囊肿：大多数肝囊肿患者无明显症状，常在体检超声等影像学检查时发现。当囊肿较大时，可能会压迫周围组织器官出现相应症状，如压迫胃可能引起腹胀、食欲减退等；压迫胆管可能导致轻度黄疸等，但一般症状相对较轻且进展缓慢。
肝癌：早期肝癌可无典型症状，随着病情进展，可能出现肝区疼痛，多为持续性钝痛、刺痛或胀痛；进行性肝大，可在右上腹触及肿块，质地坚硬；全身症状有消瘦、乏力、进行性贫血等；还可能出现一些伴癌综合征表现，如低血糖症、红细胞增多症等，部分患者可出现转移灶相关症状，如肺转移可引起咳嗽、咯血等。
三、从影像学检查区分
超声检查：
肝囊肿：超声表现为肝内圆形或椭圆形无回声区，边界清晰，后壁及后方回声增强，囊肿内部透声好。
肝癌：超声可发现肝内占位性病变，多数为低回声结节，部分可为高回声、等回声或混合回声，结节周边常有低回声晕，彩色多普勒超声可显示肿块内有血流信号，血管受累时可发现血管内癌栓等。
CT检查：
肝囊肿：CT平扫表现为肝内低密度灶，密度均匀，边界清楚，增强扫描时囊肿无强化，与周围肝组织分界更清晰。
肝癌：CT平扫多为低密度占位，动脉期肿瘤明显强化，门静脉期和延迟期对比剂快速洗脱，表现为低密度，即“快进快出”的强化特点。
MRI检查：
肝囊肿：MRI上T1加权像呈低信号，T2加权像呈高信号，且信号均匀，增强扫描无强化。
肝癌：MRI上T1加权像多为低信号，T2加权像多为稍高信号，增强扫描动脉期强化，门静脉期或延迟期对比剂退出，呈低信号，也有类似CT的“快进快出”强化特征。
四、从实验室检查区分
肿瘤标志物：
肝囊肿：肿瘤标志物一般无明显异常，甲胎蛋白（AFP）通常正常，除非是极少数特殊类型肝囊肿合并恶变，但这种情况非常罕见。
肝癌：AFP是诊断肝癌的重要肿瘤标志物，在约70%的肝癌患者中AFP升高，不过也有部分肝癌患者AFP正常；此外，异常凝血酶原（DCP）、α-L-岩藻糖苷酶（AFU）等也可作为肝癌的辅助诊断指标，在肝癌患者中可有不同程度升高。
肝功能：
肝囊肿：一般肝功能基本正常，当囊肿较大压迫胆管导致梗阻性黄疸时，可能出现胆红素升高等肝功能异常，但相对较轻。
肝癌：肝功能可出现异常，如合并肝硬化时可有转氨酶升高、白蛋白降低、胆红素升高等表现，若肿瘤广泛侵犯肝组织，也会严重影响肝功能。
特殊人群方面，对于儿童肝囊肿和肝癌的区分，儿童肝囊肿相对少见，多为先天性，超声等检查表现符合肝囊肿特点，而儿童肝癌更罕见，临床表现可能不典型，需结合详细病史、全面检查来区分；对于老年患者，由于老年人生理功能减退，临床表现可能不典型，影像学等检查需更细致分析，病史采集要全面准确，尤其要注意有无基础肝病等情况。女性与男性在肝囊肿和肝癌的区分上无本质差异，但需结合各自具体病史等综合判断。
