鳞状细胞癌患者的生存期因肿瘤分期、发生部位、治疗反应及个体差异而有所不同，早期患者5年生存率可达90%以上，晚期可能降至30%-50%甚至更低。
原位癌阶段通过手术切除治愈率接近100%；I期肿瘤直径小于2厘米且无淋巴结转移，手术联合放疗后5年生存率为80%-90%；II期出现局部浸润但未转移，生存率降至60%-70%；III期发生区域淋巴结转移时生存率为40%-50%；IV期远处转移患者中位生存期通常为6-12个月，5年生存率不足20%。
不同原发部位预后差异显著，皮肤鳞癌预后优于头颈部，而食管、肺等内脏器官的鳞癌侵袭性更强。治疗敏感性对生存期具有决定性作用，对放疗敏感的喉癌保留器官治疗可获得70%以上5年生存率，而放化疗抵抗的复发患者生存期常不足1年。
