自然流产的原因包括胚胎染色体异常、内分泌异常、生殖器官异常、全身性疾病、免疫因素等。
1、染色体异常
约50%-60%的自然流产是由于胚胎染色体异常所致，在受精过程中，若精子或卵子的染色体发生数目或结构的异常，形成的胚胎就会存在染色体异常情况，从而难以正常发育，导致流产。这种情况在年龄较大的孕妇中相对更易发生，因为随着女性年龄增长，卵子质量下降，染色体发生异常的概率增加。
2、内分泌异常
黄体分泌的孕激素对维持妊娠至关重要。若黄体功能不全，孕激素分泌不足，不能为胚胎着床和发育提供良好的内分泌环境，就容易导致流产。研究表明，约30%-40%的自然流产与黄体功能不全有关。常见于患有多囊卵巢综合征等内分泌疾病的女性，或者因过度劳累、精神压力大等因素影响黄体功能的人群。
3、生殖器官异常
子宫畸形如先天性子宫纵隔、双角子宫等子宫畸形情况，会影响子宫的宫腔形态和容积，使得胚胎着床后生长空间受限，从而增加自然流产的几率。有研究显示，子宫畸形患者自然流产发生率可达到30%-50%。
4、全身性疾病
孕妇感染某些病毒（如风疹病毒、巨细胞病毒等）、细菌（如支原体、衣原体等）时，病原体可通过胎盘影响胚胎，导致胚胎发育异常而流产。例如，孕妇感染风疹病毒后，约10%-20%的胎儿会发生流产、死胎或先天性畸形等。
5、免疫因素
如系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病，患者体内的自身抗体可攻击自身组织包括胎盘组织，影响妊娠，导致自然流产。
另外，长期接触高剂量的辐射，如X射线、放射性物质等，会损伤胚胎细胞的DNA，影响胚胎发育，导致自然流产。例如，孕妇在不知情的情况下接受了腹部X射线检查，可能会增加自然流产的风险。
