肛门狭窄的诊断包括病史采集，询问肛门直肠手术史、外伤史、炎症性肠病等病史，不同年龄段病因有别；体格检查包括视诊观察肛门周围皮肤等，直肠指诊感受肛管松紧度；影像学检查有肛门直肠测压、影像学造影检查，前者测压力变化，后者观排便时形态；内镜检查有肛门镜检查，直接观察肛门及直肠下段情况以判断狭窄部位和程度。
体格检查
视诊：观察肛门周围皮肤有无异常，如瘢痕、红肿等。可以看到肛门外观是否正常，有无明显的狭窄外观，比如肛门开口较正常明显缩小等情况。
直肠指诊：是诊断肛门狭窄的重要方法。检查者戴上手套，涂抹润滑剂后缓慢将手指插入直肠，感受肛管的松紧度。正常肛管可以轻松通过一指，而肛门狭窄时，手指通过会有明显的阻力，能感觉到肛管的管径变窄。不同年龄的患者直肠指诊的感受也有差异，儿童的肛门直肠结构与成人不同，检查时需更加轻柔谨慎。
影像学检查
肛门直肠测压：通过测定肛门内、外括约肌的压力变化来评估肛门直肠的功能。肛门狭窄患者可能会出现压力异常，比如肛管静息压升高等情况。该检查对于判断肛门括约肌的功能状态以及狭窄的严重程度有一定帮助。
影像学造影检查：如排粪造影等，可观察排便时肛门直肠的形态变化。对于一些复杂的肛门狭窄情况，通过造影可以更清晰地看到狭窄的部位、程度以及与周围组织的关系等。例如，可以看到造影剂通过狭窄部位时的受阻情况等。
内镜检查
肛门镜检查：直接观察肛门及直肠下段的情况。可以清晰看到肛管和直肠黏膜的情况，有无炎症、溃疡、瘢痕等病变，同时能直观地判断狭窄的部位和程度。对于明确肛门狭窄的局部病变情况非常重要。不同患者由于个体差异，肛门镜检查时的耐受程度不同，特别是儿童可能会有恐惧心理，需要做好安抚工作。
