肛门囊肿的常见引起原因包括肛腺感染（肛窦受损致细菌侵入肛腺化脓蔓延形成）、皮脂腺分泌受阻（分泌旺盛导管堵塞皮脂淤积）、外伤因素（肛门受外伤后组织修复异常形成）、慢性炎症刺激（肛周慢性炎症反复刺激致组织改变形成）、肛肠手术后遗症（手术愈合中组织粘连分泌物潴留形成）。
皮脂腺分泌受阻：肛门周围的皮脂腺如果分泌旺盛，而皮脂腺导管发生堵塞，皮脂就会淤积在腺体内，形成囊肿。这种情况在皮脂腺分泌活跃的年龄段更为常见，比如青春期人群皮脂腺分泌功能旺盛，相对更容易出现皮脂腺分泌受阻导致的肛门囊肿。对于女性在生理期前后，激素水平变化可能影响皮脂腺分泌，也可能增加皮脂腺分泌受阻的几率。
外伤因素：肛门部位受到外伤，如骑跨伤、撞击伤等，会导致局部组织受损，伤口愈合过程中可能形成囊肿。例如，从事某些需要频繁骑跨动作的职业人员，像自行车运动员等，肛门部位长期受到摩擦和撞击，容易引发外伤后囊肿。对于儿童来说，如果有意外摔倒等导致肛门局部外伤，也可能因外伤后组织修复异常而形成囊肿。
慢性炎症刺激：肛门周围的慢性炎症，如肛周湿疹、肛周炎等长期不愈，炎症反复刺激肛门周围组织，会使组织发生增生、变性等改变，进而形成囊肿。患有肛周湿疹的患者，由于长期瘙痒搔抓肛门周围皮肤，容易引发慢性炎症，长期刺激下可能导致肛门囊肿的形成。老年人群由于身体机能下降，慢性炎症的修复能力减弱，更容易因慢性炎症刺激而出现肛门囊肿。
肛肠手术后遗症：既往有肛肠手术史的患者，手术部位在愈合过程中可能出现组织粘连、分泌物潴留等情况，从而形成囊肿。比如痔疮手术患者，手术创口周围组织在修复时可能出现异常，导致分泌物无法正常排出而形成囊肿。对于曾接受过复杂肛肠手术的患者，术后发生肛门囊肿的风险相对更高，需要密切关注术后恢复情况。
