肛门囊肿常见引发原因有肛腺感染（儿童因肛窦特点感染表现与成人不同）、肛周皮肤损伤（不同人群易因不同情况损伤引发）、免疫力低下（糖尿病患者、老年人等易因免疫力低患病）、肛门直肠部位慢性炎症（如溃疡性结肠炎、克罗恩病等炎症刺激易致患病）。
肛腺感染：肛腺开口于肛管直肠交界处的肛窦处，肛窦易受损伤及细菌的侵袭，如粪便损伤肛窦，细菌侵入肛腺后，可引起肛腺炎，炎症向周围组织蔓延，进而可能形成肛门囊肿。儿童由于肛窦相对较深等生理特点，也可能因肛腺感染引发肛门囊肿，但儿童的免疫系统和身体发育特点使得其感染后的表现和成人可能有所不同，需要特别关注儿童肛腺感染相关情况，及时发现和处理。
肛周皮肤损伤：外力导致肛周皮肤破损，比如受到异物划伤、摩擦等，细菌等病原体容易通过破损处侵入皮下组织，引发感染，从而增加肛门囊肿形成的风险。不同年龄、性别人群都可能因肛周皮肤损伤而患病，例如从事重体力劳动的人群，由于肛周受到较多摩擦，相对更易出现皮肤损伤进而引发肛门囊肿；女性在特殊生理时期，如经期卫生处理不当等，也可能增加肛周皮肤感染风险。
免疫力低下：当人体免疫力降低时，如患有糖尿病等基础疾病的人群，或者长期服用免疫抑制剂的人，身体抵御病原体的能力下降，更容易受到细菌等病原体的侵袭，从而容易引发肛门囊肿。糖尿病患者由于血糖控制不佳，高血糖环境有利于细菌生长繁殖，会增加感染相关疾病包括肛门囊肿的几率；老年人通常免疫力相对较低，也较易因免疫力低下而患上肛门囊肿。
肛门直肠部位的慢性炎症：如溃疡性结肠炎、克罗恩病等肠道慢性炎症性疾病，炎症长期刺激肛门直肠周围组织，可导致组织反复出现炎症反应，进而增加肛门囊肿的发生可能性。患有这些慢性肠道炎症的患者，需要积极治疗原发病，以降低肛门囊肿等并发症的发生风险。
