肛乳头炎主要由肛窦感染蔓延至肛乳头引起，其引起因素包括肛窦感染（如长期便秘、儿童腹泻、女性生理期等易致肛窦感染进而引发肛乳头炎）、局部损伤（如干硬粪便擦伤、肛门镜检查损伤、食用辛辣刺激食物致大便干结擦伤等）、慢性炎症刺激（如直肠炎等长期炎症刺激波及肛乳头）。
肛窦感染：肛窦形似口袋，开口向上，粪便、细菌等容易积存于此，引发肛窦炎。当肛窦发生炎症后，炎症可逐渐蔓延至肛乳头，导致肛乳头发生炎症反应。例如，长期便秘的人群，粪便干结容易擦伤肛窦，从而增加肛窦感染的风险，进而可能引发肛乳头炎。对于儿童来说，如果存在腹泻等情况，也可能导致肛窦受到刺激，增加感染几率。女性在生理期时，身体抵抗力相对下降，也可能使肛窦感染的可能性增加，若未及时注意局部卫生，就容易诱发肛乳头炎。
局部损伤：肛门部位的外伤，如干硬粪便的擦伤、肛门镜检查时的损伤等，都可能使肛乳头受到损伤，从而为细菌入侵创造条件，引发炎症。例如，进行肛门镜检查时，如果操作不规范，可能会擦伤肛乳头；一些人因饮食习惯不良，经常食用辛辣刺激食物，导致大便干结，在排便时干硬的粪便容易擦伤肛窦及肛乳头，长期如此就容易引发肛乳头炎。对于特殊人群如老年人，由于肛门括约肌功能减弱等原因，排便时更易受到损伤，也相对更容易患上肛乳头炎。
慢性炎症刺激：肛门部位的其他慢性炎症，如直肠炎等，长期的炎症刺激可波及肛乳头，导致肛乳头反复受到炎症影响，进而引发肛乳头炎。比如患有直肠炎的患者，炎症长期存在并刺激肛门周围组织，包括肛乳头，使得肛乳头处于持续的炎症状态，久而久之就可能发展为肛乳头炎。不同年龄、性别、生活方式的人群都可能受到慢性炎症刺激的影响，例如长期久坐、缺乏运动的人群，肠道蠕动功能可能减弱，更容易出现肠道炎症等情况，从而增加肛乳头炎的发病风险。
