灰指甲可由皮肤癣菌（如红色毛癣菌、须癣毛癣菌等）、酵母菌（如白念珠菌等）、非皮肤癣菌的霉菌（如帚霉、曲霉等）感染引起，皮肤癣菌可通过接触患者或污染物品等感染指甲，温暖潮湿环境易滋生，儿童公共浴室等活动、女性穿不透气鞋易感染；糖尿病患者、老年人群易因酵母菌感染；长期用免疫抑制剂者、手部常接触水人群易被非皮肤癣菌霉菌感染。
一、皮肤癣菌感染
皮肤癣菌中的红色毛癣菌、须癣毛癣菌等是引发灰指甲的常见病原菌。这些真菌会侵犯甲板和甲下组织，通过在局部生长繁殖，破坏指甲的正常结构。例如，红色毛癣菌可通过直接接触患有手足癣等皮肤癣菌感染疾病的患者，或者接触被污染的物品而感染指甲，在温暖潮湿的环境下更容易滋生繁殖，进而导致灰指甲的发生。儿童如果经常在公共浴室、游泳池等潮湿环境中活动，且个人卫生习惯不佳，就容易接触到皮肤癣菌而增加感染风险；女性如果长期穿不透气的鞋子，脚部环境潮湿，也会使皮肤癣菌感染指甲的几率上升。
二、酵母菌感染
白念珠菌是较为常见的引起灰指甲的酵母菌。它可以从甲周皮肤蔓延至甲板，或者在甲床部位定植生长。糖尿病患者由于血糖水平较高，机体免疫力相对较低，且局部皮肤容易潮湿，为白念珠菌的生长提供了有利条件，更容易发生白念珠菌性灰指甲。老年人群随着年龄增长，身体机能衰退，免疫力下降，也可能因酵母菌感染引发灰指甲。
三、非皮肤癣菌的霉菌感染
一些非皮肤癣菌的霉菌，如帚霉、曲霉等也可导致灰指甲。长期使用免疫抑制剂的人群，由于免疫系统受到抑制，抵抗力下降，容易受到这类霉菌的侵袭而患上灰指甲。比如器官移植术后需要长期服用免疫抑制剂的患者，其发生非皮肤癣菌霉菌感染引起灰指甲的可能性相对增加。此外，手部经常接触水的人群，如家庭主妇、厨师等，指甲长期处于潮湿环境，也容易被非皮肤癣菌的霉菌感染而引发灰指甲。
