肛门指诊可初步了解肛瘘相关情况；探针检查能尝试探查瘘管内口位置但高位复杂性肛瘘可能有困难；影像学检查中MRI可清晰显示肛瘘情况为手术提供参考，肛管超声对高位复杂性肛瘘诊断有价值；染色检查可助确定内口位置辅助诊断，不同人群均可进行相关检查。
探针检查
操作及意义：使用探针从肛瘘外口探入，尝试探查内口位置。但在高位复杂性肛瘘中，由于瘘管可能弯曲、复杂，探针探查可能会有一定困难，不过仍可帮助医生大致判断瘘管的走向。需要注意的是，对于儿童患者，操作时要更加轻柔，避免造成不必要的损伤。
影像学检查
磁共振成像（MRI）：
作用及优势：MRI能够清晰地显示肛瘘的瘘管形态、与周围组织的关系，尤其是对于高位复杂性肛瘘，可准确判断瘘管的分支、走行以及是否累及括约肌等情况。它是一种无创的检查方法，对身体没有辐射损伤，适用于各年龄段的患者，包括儿童、女性等特殊人群。通过MRI检查，可以为手术方案的制定提供非常重要的参考依据，能够更精准地规划手术路径，减少手术风险和并发症的发生。
检查过程：患者需躺在MRI检查床上，保持身体不动，机器会围绕身体进行扫描，一般需要几分钟到十几分钟不等。
肛管超声检查：
作用及优势：肛管超声可以清晰显示肛瘘的瘘管、内口以及周围组织的情况，对于高位复杂性肛瘘的诊断有一定价值。它具有操作相对简便、可重复性好等特点。对于不同生活方式的患者，只要能够配合检查，都可以进行该检查。在儿童患者中，若病情需要，也可以在适当镇静等配合下进行肛管超声检查。
染色检查
操作及意义：将亚甲蓝等染色剂注入肛瘘外口，然后观察染色剂从内口流出的情况，有助于确定内口的位置。对于高位复杂性肛瘘，虽然内口定位可能较为困难，但染色检查仍能提供一定的线索，辅助医生进行诊断。不同年龄、性别等人群均可进行该检查，检查过程相对简单，但需要患者积极配合染色剂的注入和观察。
