肛乳头瘤由多种因素共同作用引起，慢性炎症刺激包括青壮年易发病、长期便秘腹泻及有肛门疾病史者易受影响致肛乳头反复发炎增生；肛管上皮增生与肛管上皮受刺激异常增殖及可能存在遗传易感性有关。
慢性炎症刺激
年龄与性别因素：各个年龄段均可发病，但多见于青壮年人群。男性和女性发病无明显的性别差异趋势。从年龄角度看，随着年龄增长，肛门局部的组织容易受到各种因素影响而发生慢性炎症。例如，老年人由于机体功能衰退，肛门局部的血液循环相对较差，更容易受到炎症的持续刺激。慢性炎症长期作用于肛乳头，会导致肛乳头反复受到刺激而增生肥大，逐渐形成肛乳头瘤。
生活方式影响：长期便秘的人群，大便干结，在排便过程中容易擦伤肛乳头，从而引发炎症。另外，长期腹泻的人，肠道炎症物质不断刺激肛门，也会增加肛乳头瘤的发病风险。比如一些患有溃疡性结肠炎等肠道疾病的患者，长期腹泻，肛门局部长期处于炎症环境中，肛乳头就容易出现增生。还有不注意肛门局部清洁卫生的人，肛门局部容易滋生细菌，引发慢性炎症，进而诱发肛乳头瘤。
病史相关：有肛门部位其他疾病病史的人群，如肛瘘、肛裂等患者，由于原发病的存在，肛门局部的正常组织结构和功能受到影响，容易并发肛乳头的慢性炎症。例如肛瘘患者，瘘管周围的炎症会蔓延至肛乳头，导致肛乳头反复发炎，最终形成肛乳头瘤。
肛管上皮增生
局部组织特性：肛乳头本身是由肛管上皮组成的，正常情况下肛乳头较小，当受到各种刺激时，肛管上皮细胞会出现异常增生。从细胞水平来看，可能是由于细胞的增殖调控机制出现紊乱，导致肛乳头部位的上皮细胞过度增殖。这种增生是一种病理性的改变，不断发展就会形成肛乳头瘤。
遗传易感性：虽然目前关于肛乳头瘤明确的遗传相关研究还不是特别充分，但有部分研究推测可能存在一定的遗传易感性。如果家族中有过肛乳头瘤患者，那么家族成员相对其他人可能具有一定的基因层面的易感性，使得他们在相同的外界刺激因素下更容易发生肛管上皮的异常增生，进而引发肛乳头瘤。
