婴儿胃食管反流的治疗包括一般治疗、药物治疗和手术治疗，一般治疗有体位调整和喂养调整；药物治疗有抑酸剂和促胃肠动力药；极少数严重情况可考虑手术治疗，同时早产儿和有基础疾病的婴儿治疗需特殊注意。
喂养调整：
少量多餐：母乳喂养的婴儿可增加喂养次数，缩短每次喂养时间；人工喂养的婴儿可减少每次奶量，增加喂养频率。这样做是为了减少胃内食物容量，降低反流的几率。
选择合适奶嘴：确保奶嘴的孔大小合适，避免婴儿在吃奶时吸入过多空气，从而减少因气体过多引起的反流。
药物治疗
抑酸剂：常用的有质子泵抑制剂，如奥美拉唑等，但需严格遵循儿科用药规范，因为婴儿的肝肾功能尚未完全发育成熟，药物代谢与成人不同。这类药物通过抑制胃酸分泌，减少胃酸对食管黏膜的刺激，从而缓解胃食管反流引起的症状。不过，使用时要密切关注婴儿的反应及可能出现的不良反应。
促胃肠动力药：如多潘立酮等，可增加食管下括约肌压力，促进胃排空，加快胃内容物从胃向肠道的转运，从而减轻反流。但使用促胃肠动力药时要谨慎评估婴儿的病情，因为其可能存在一定的心血管等方面的风险，尤其是小婴儿。
手术治疗
对于极少数经严格内科治疗无效、有严重并发症（如营养不良、反复吸入性肺炎等）的婴儿，可考虑外科手术治疗，如Nissen胃底折叠术等。但手术治疗有一定的适应证和风险，需要由专业的儿科外科医生进行综合评估后决定是否实施。
特殊人群注意事项
早产儿：早产儿的胃肠功能更不成熟，发生胃食管反流的风险更高。在体位调整时需更加小心，喂养时要特别注意奶液的温度、流速等，同时药物使用要更加谨慎，因为早产儿的器官功能对药物的耐受性和反应与足月儿不同，应在儿科医生的密切监测下进行治疗。
有基础疾病的婴儿：如果婴儿合并有其他先天性疾病等情况，在治疗胃食管反流时要综合考虑基础疾病对治疗的影响以及治疗胃食管反流药物对基础疾病的可能影响。例如，若婴儿同时有心脏病，使用某些可能影响心血管系统的药物时需格外谨慎，要权衡利弊后选择合适的治疗方案。
