肛窦炎手术治疗多数患者可痊愈，其痊愈情况因手术方式及适用情况而异，单纯肛窦炎手术与合并肛周脓肿等的手术有别；影响痊愈的因素包括患者自身的年龄、基础病史以及术后护理的生活方式、局部卫生等，综合多种因素，多数患者通过合适手术及自身良好配合可痊愈。
手术方式及适用情况
对于单纯的肛窦炎，若采用肛窦切开术等手术方式，一般能有效清除感染的肛窦组织，解除炎症根源。该手术适用于肛窦炎症较为局限，尚未引起严重并发症的患者，通过直接切开病变的肛窦，使引流通畅，炎症得以消退。
若肛窦炎合并有肛周脓肿等情况时，手术则需要更复杂的操作，如肛周脓肿切开引流联合肛窦处理等。这种情况下，手术的目的是既要引流脓肿，又要处理根源的肛窦炎症，只要手术操作规范，术后恢复良好，大部分患者也可痊愈，但相对单纯肛窦炎手术的痊愈周期可能会稍长一些。
影响痊愈的因素
患者自身因素
年龄：年轻患者身体修复能力相对较强，术后痊愈的可能性相对较高；而老年患者可能存在基础疾病，如糖尿病等，会影响伤口愈合，从而可能影响痊愈的时间和效果。例如，糖尿病患者血糖控制不佳时，伤口感染的风险增加，会阻碍肛窦炎手术后的痊愈进程。
基础病史：有免疫功能低下疾病的患者，如艾滋病患者，其自身免疫力差，术后发生感染等并发症的几率增加，会影响肛窦炎手术的痊愈。
术后护理因素
生活方式：术后患者若能保持良好的生活方式，如规律作息、合理饮食（避免辛辣刺激食物，多摄入富含膳食纤维的食物以保持大便通畅），有利于伤口愈合和痊愈。反之，若术后仍长期饮酒、进食大量辛辣食物且不注意保持大便通畅，容易导致肛门局部刺激，影响伤口愈合，甚至可能导致肛窦炎复发，影响痊愈。
局部卫生：术后肛周局部卫生状况不佳，容易滋生细菌，引发感染，从而不利于肛窦炎手术的痊愈。患者需要注意保持肛周清洁，便后及时清洗等。
总体而言，肛窦炎通过合适的手术治疗，结合患者自身的良好配合（包括控制基础疾病、保持良好生活方式和局部卫生等），多数患者能够痊愈，但需要综合考虑多种因素对痊愈过程的影响。
