肛周囊肿形成与多种因素相关，包括肛腺感染（肛窦易损伤受细菌侵入致肛腺炎扩散形成囊肿，儿童因肛窦易损、肠道菌群特点等易发病，老年人组织修复弱感染后易形成且恢复慢）、损伤（肛门受外伤致细菌侵入感染形成囊肿，重体力劳动者、老年人易因损伤患病）、免疫功能低下（患慢性病、长期服免疫抑制剂等致免疫低易感染形成囊肿，糖尿病患者因高血糖及免疫受影响更易出现）、性激素影响（男性雄激素高、青春期少年性激素波动大致皮脂腺活跃，相对易患肛周囊肿）。
肛腺感染：肛腺开口于肛管直肠交界处的肛窦处，肛窦易受损伤及细菌的侵入，而引发感染。感染可蔓延至肛腺，导致肛腺炎，炎症进一步向周围组织扩散，就可能形成肛周囊肿。例如，长期食用辛辣刺激性食物、腹泻、便秘等因素易导致肛窦损伤，增加肛腺感染的风险。儿童由于肛腺发育尚未完善等因素，相对成人可能更容易因肛窦感染引发肛周囊肿，但具体机制还与儿童的生理特点如肠道菌群等有关，儿童肠道菌群处于发育阶段，相对不稳定，也可能影响肛腺感染的发生概率。
损伤：肛门部位受到外伤，如异物损伤、肛门指检时的损伤等，都可能使细菌侵入组织，从而引发感染形成囊肿。对于从事重体力劳动的人群，肛门部位受到外力冲击的机会较多，更易因损伤导致肛周囊肿。而老年人由于身体机能下降，组织修复能力减弱，若肛门部位有损伤，感染后形成肛周囊肿的可能性相对较高，且恢复可能相对缓慢。
免疫功能低下：当人体免疫功能低下时，如患有糖尿病等慢性疾病、长期服用免疫抑制剂等，身体抵御细菌感染的能力下降，容易发生肛周感染，进而形成肛周囊肿。糖尿病患者由于血糖控制不佳，高血糖环境有利于细菌生长繁殖，且自身免疫功能也受到影响，所以比常人更易出现肛周囊肿等感染性疾病。对于免疫功能低下的特殊人群，需要更加注意保持肛门局部清洁，积极控制基础疾病以降低患病风险。
性激素影响：肛周囊肿的发生可能与性激素有关。男性雄激素水平相对较高，肛周皮脂腺分泌较为旺盛，相对女性更容易发生肛周囊肿。青春期少年由于性激素水平波动较大，肛周皮脂腺分泌活跃，也是肛周囊肿的高发人群之一。
