间歇性外斜视的发生与遗传因素、双眼视功能发育异常、解剖因素和神经支配因素有关，遗传因素使亲属患病概率增高，双眼视功能发育异常在儿童视觉发育关键期易致该病，眼外肌解剖结构异常会破坏眼球运动平衡，神经支配异常会影响眼外肌协调运动，且不同年龄段受这些因素影响的情况不同，儿童更易受影响。
双眼视功能发育异常
儿童时期的关键影响：在儿童视觉发育的关键时期，如婴幼儿至学龄前阶段，如果双眼视功能发育出现异常，就容易引发间歇性外斜视。儿童的双眼视功能包括同时视、融合视和立体视等。当儿童在视觉发育过程中，由于各种原因导致双眼不能正常协调工作，比如一只眼的视力明显低于另一只眼（屈光参差），大脑就会更依赖视力较好的那只眼，而抑制视力较差眼的视觉传入，长期如此会影响双眼视功能的正常发育，进而可能导致间歇性外斜视的发生。不同年龄段的儿童，视觉发育的阶段不同，婴幼儿期主要是基本视觉功能的建立，学龄前期则是双眼视功能的完善阶段，在这些阶段出现双眼视功能发育异常的风险较高。
解剖因素
眼外肌的结构与功能：眼外肌的解剖结构异常是导致间歇性外斜视的重要原因之一。例如，某一眼外肌的力量过强或过弱，会破坏眼球的正常运动平衡。如外直肌力量过强或内直肌力量过弱，就会使眼球向外偏斜，引发间歇性外斜视。从年龄角度看，儿童的眼外肌还处于生长发育阶段，相对较为脆弱，更容易因解剖结构的微小异常而出现功能失调。另外，眼部的解剖结构异常还可能与先天发育有关，部分患儿出生时就存在眼外肌的解剖结构差异，随着生长发育，这种差异逐渐表现为间歇性外斜视。
神经支配因素
神经对眼外肌的调控：支配眼外肌的神经出现问题也会导致间歇性外斜视。神经传导通路的异常会影响眼外肌的协调运动。比如，支配眼外肌的神经核发育不良或神经冲动传导障碍，会使眼外肌不能按照正常的指令进行收缩和舒张，从而引起眼球的位置异常，出现间歇性外斜视。不同年龄段的人群，神经支配系统的成熟度不同，儿童的神经支配系统相对还在发育完善过程中，更容易受到各种因素影响而出现神经支配的异常，进而增加间歇性外斜视的发病几率。
