胎儿先天性肛门闭锁涉及遗传因素（部分病例有遗传倾向，特定基因突变可致发病，家族有患儿再育风险增高）、胚胎发育异常（泄殖腔分隔障碍、肛管发育不全影响肛门直肠正常形成）、环境因素（孕妇孕期吸烟酗酒、接触化学毒物辐射、感染风疹病毒等增加风险），有家族遗传史夫妇备孕前应遗传咨询，孕妇孕期要健康生活、避有害因素、定期产检。
遗传因素：部分病例存在遗传倾向，某些特定的基因突变可能与先天性肛门闭锁的发生相关。例如，有研究发现一些单基因的突变可能影响胚胎时期泄殖腔分隔等正常发育过程，从而导致肛门闭锁的出现。如果家族中有过先天性肛门闭锁的患儿，那么再次生育时胎儿发生该病的风险可能会相对增高，这与遗传物质的传递有关。
胚胎发育异常
泄殖腔分隔障碍：在胚胎发育的第4-7周，泄殖腔需要正常分隔为尿生殖窦和直肠。如果泄殖腔分隔过程出现障碍，就会影响肛门及直肠的正常形成。例如，泄殖腔膜未能正常破裂，或者尿直肠隔发育异常等情况，都可能导致肛门闭锁的发生。这一过程受到多种基因调控以及胚胎微环境等因素影响，任何干扰正常胚胎发育进程的因素都可能引发这种分隔障碍。
肛管发育不全：胚胎时期肛管的正常发育对于形成正常的肛门结构至关重要。如果肛管在发育过程中出现细胞增殖、分化异常等情况，就可能导致肛管发育不全，进而引发先天性肛门闭锁。比如，相关的生长因子分泌异常或者细胞信号传导通路出现问题，都可能干扰肛管的正常发育。
环境因素：孕妇在孕期的一些不良生活方式或接触某些有害因素也可能增加胎儿先天性肛门闭锁的风险。例如，孕妇在孕期吸烟、酗酒，烟草中的有害物质和酒精等可能通过胎盘影响胎儿的正常发育；接触某些化学毒物、辐射等环境污染物，这些因素可能干扰胚胎的正常发育过程，导致肛门等消化道结构发育异常。另外，孕妇孕期感染某些病毒，如风疹病毒等，也可能对胎儿的发育产生不良影响，增加先天性肛门闭锁的发生几率。
对于有家族遗传史的夫妇，在备孕前应进行遗传咨询，了解相关的遗传风险及应对措施。孕妇在孕期要注意保持健康的生活方式，避免接触有害因素，定期进行产前检查，以便早期发现胎儿可能存在的发育异常情况，及时采取相应的措施。
