肛瘘不手术会带来诸多后果，包括病情反复发作，致患者长期痛苦、影响生活质量；感染扩散，可引发更严重感染甚至危及生命；影响肛门功能，可能导致肛门失禁等；还会增加癌变风险，长期不愈的肛瘘有癌变可能，癌变后治疗难度大、预后差。
肛瘘是肛管或直肠与肛周皮肤相通的肉芽肿性管道，主要由内口、瘘管、外口三部分组成。内口多位于肛窦，外口在肛周皮肤。如果不进行手术治疗，感染源持续存在，炎症会不断刺激，导致瘘管反复感染、发炎、肿胀、破溃流脓。例如，内口处的肛窦持续受到粪便等污染，炎症会沿着瘘管蔓延，使得外口反复破溃，给患者带来长期的痛苦，严重影响生活质量，患者会频繁出现肛周疼痛、肿胀，影响坐立、行走等日常活动。
感染扩散
肛瘘的瘘管可能会向周围组织蔓延，引起更广泛的感染。感染可能波及肛周间隙，导致肛周脓肿等更严重的感染性疾病。如果感染进一步扩散，可能会进入盆腔等深部组织间隙，引发盆腔脓肿等，甚至可能引起全身感染，如脓毒血症等。脓毒血症是非常危险的情况，会出现高热、寒战、意识障碍等全身症状，严重时可危及生命，尤其是免疫力较低的人群，如老年人、糖尿病患者等，感染扩散的风险更高，因为他们的身体抵抗力相对较弱，难以限制感染的蔓延。
影响肛门功能
长期的肛瘘不治疗，反复的炎症刺激和瘘管的存在可能会影响肛门的正常功能。肛瘘可能会导致肛门括约肌受到破坏，引起肛门失禁等问题。肛门括约肌的功能是控制排便，如果括约肌受损，患者可能会出现粪便不自主流出的情况，严重影响生活卫生和心理状态。对于儿童患者来说，肛门功能受到影响还可能会影响其正常的生长发育，因为粪便的不规律排出可能会干扰营养的吸收等。
癌变风险增加
虽然肛瘘癌变的发生率相对较低，但长期不愈的肛瘘存在一定的癌变可能性。有研究表明，肛瘘尤其是复杂性肛瘘，由于长期慢性炎症刺激，细胞可能会发生异常增生，逐渐发展为肛管癌等恶性肿瘤。随着时间的推移，这种癌变的风险会逐渐增加，一旦发生癌变，治疗难度会大大增加，预后也相对较差。例如，一些长期不治疗的肛瘘患者，后期发现合并肛管癌，需要进行更复杂的手术以及放化疗等综合治疗，患者承受的痛苦和经济负担都会显著加重。
