沙眼有急性期和慢性期症状，急性期表现为结膜充血与滤泡形成、分泌物增多、乳头增生；慢性期有瘢痕形成、角膜血管翳、眼部不适症状持续，不同年龄段症状有差异，不注意眼部卫生等人群易患沙眼且有沙眼病史者复发快。
结膜充血与滤泡形成：急性期时，患者的结膜会明显充血，呈现出鲜红色，同时睑结膜上会出现大量滤泡，这些滤泡是由淋巴细胞聚集形成的小隆起，大小不一，呈现出黄白色。例如，研究表明在沙眼急性期，约90%的患者会出现睑结膜滤泡这一典型表现。
分泌物增多：患者眼睛会有较多的黏性或脓性分泌物，早晨起床时，由于分泌物聚集，常常会发现上下眼睑被粘连在一起，影响睁眼。这是因为沙眼衣原体感染引发结膜的炎症反应，导致腺体分泌增加。
乳头增生：睑结膜表面还可能出现乳头增生，表现为粗糙不平的外观，类似红色的小颗粒，这是由于结膜上皮细胞增生和炎症细胞浸润所致。
慢性期症状
瘢痕形成：随着病情进入慢性期，睑结膜会逐渐出现瘢痕，初期可能表现为线状或网状瘢痕，之后会逐渐变得更明显，呈白色条纹状。瘢痕的形成是沙眼病程中的一个重要阶段，是组织修复的一种表现，但也会带来一些后续影响。
角膜血管翳：沙眼衣原体还可能侵犯角膜，导致角膜血管翳的形成。角膜上会出现新生血管，从角膜缘向角膜内生长，根据血管翳侵犯角膜的范围不同，可分为不同的程度，这会影响视力，严重时可导致视力下降甚至失明。例如，在一些沙眼流行地区，约有30%的沙眼患者会出现角膜血管翳相关的视力问题。
眼部不适症状持续：患者可能会长期存在眼部异物感、干涩、瘙痒、畏光、流泪等不适症状，这些症状会反复出现，影响患者的日常生活和工作。尤其是在长期用眼、处于干燥环境等情况下，不适症状可能会加重。
不同年龄段的人群患沙眼时症状可能会有一定差异，儿童由于卫生习惯相对较差，更容易感染沙眼，且急性期症状可能相对更为明显；成年人患沙眼时，慢性期的表现可能会更为突出，但总体的症状表现基本符合上述特点。在生活方式方面，不注意眼部卫生、与沙眼患者密切接触（如共用毛巾、洗脸盆等）的人群更容易患上沙眼，从而出现相应症状。有沙眼病史的人群再次接触沙眼衣原体时，症状可能会相对较重且复发较快。
