肛瘘有流脓、肿痛、瘙痒及全身症状等表现，流脓是主要症状之一，外口间断或持续流少量分泌物，多少与类型、病程有关；肿痛因外口闭合、脓液积聚引流不畅所致，炎症明显时局部红肿压痛，不同人群表现有差异；瘙痒由分泌物刺激肛周皮肤引起，儿童及爱出汗者更明显；单纯性肛瘘一般无全身症状，复杂性或急性发作时可出现发热、寒战、乏力等全身症状，不同人群全身症状表现有别。
是肛瘘最主要的症状之一，肛瘘外口会间断性或持续性流出少量脓性、血性、黏液性分泌物。分泌物的多少与肛瘘的类型、病程长短等有关。比如单纯性低位肛瘘，分泌物相对较少；而复杂性肛瘘，分泌物往往较多。在不同年龄段，儿童肛瘘患者流脓症状可能与成人有所不同，儿童肛瘘由于其自身机体特点，可能外口症状表现相对不典型，但也会有分泌物渗出情况。对于有不良生活方式的人群，如长期久坐、不注意肛周卫生等，可能会加重肛瘘流脓的症状。
肿痛
当肛瘘外口闭合，瘘管内脓液积聚，引流不畅时，会出现局部肿痛。疼痛程度不一，可为胀痛、跳痛等。炎症明显时，局部会出现红肿，伴有压痛。在不同性别中，一般没有明显的性别差异导致肿痛表现不同，但女性在生理期等特殊时期，可能因身体激素变化等因素，对疼痛的敏感度略有不同，从而感觉肿痛程度略有差异。对于有基础病史的人群，如糖尿病患者，由于其机体抵抗力相对较低，肛瘘发生肿痛时，炎症可能更难控制，肿痛症状可能会更严重且恢复相对较慢。
瘙痒
由于肛瘘外口流出的分泌物刺激肛周皮肤，会引起肛周皮肤瘙痒，患者常不自觉地搔抓，进而可能导致皮肤破损、感染加重等情况。儿童肛瘘患者由于皮肤娇嫩，肛周瘙痒可能会影响其睡眠和日常活动，需要家长更加关注，避免搔抓导致皮肤损伤。不同生活方式的人群，如爱出汗的人，肛周更容易潮湿，分泌物刺激引起的瘙痒可能会更明显。
全身症状
一般单纯性肛瘘不会引起全身症状，但复杂性肛瘘或肛瘘急性发作时，可能会出现发热、寒战、乏力等全身症状。发热多为低热，也可能出现高热。对于儿童肛瘘患者，全身症状相对成人可能更明显，因为儿童的免疫系统相对不完善，感染容易扩散，所以当肛瘘出现全身症状时，更需要及时就医处理。有基础病史的人群，如患有免疫性疾病的人，本身抵抗力就存在问题，肛瘘发作时全身症状可能会更严重，且恢复过程可能会受到影响。
