肛窦炎病因主要有细菌感染（包括正常菌群失调、外伤感染）、解剖因素（肛窦特殊形态、肛腺分布）、局部刺激与损伤（腹泻、便秘）、其他因素（免疫力低下、肛门直肠周围组织炎症蔓延）。
细菌感染
正常菌群失调：肛门直肠部位存在正常菌群，当某些因素导致菌群失调时，细菌容易在肛窦内滋生繁殖。例如，长期食用辛辣刺激性食物、大量饮酒等，可能影响肠道正常菌群的平衡，使得原本数量较少的致病菌（如大肠杆菌、葡萄球菌等）大量繁殖，引发肛窦炎。
外伤感染：粪便中的异物、粗糙的粪便等可能损伤肛窦及肛门瓣，如干硬粪便通过肛门时擦伤肛窦，细菌就容易侵入受损部位引起感染。此外，肛门部位的操作，如肛门镜检查、直肠指诊等，如果操作不当也可能造成肛窦的损伤，从而为细菌感染创造条件。
解剖因素
肛窦的特殊形态：肛窦呈袋状，开口向上，粪便及细菌容易侵入肛窦而不易排出，这就使得肛窦内的分泌物引流不畅，容易导致炎症的发生。儿童由于肛窦相对较深，且发育尚未完全成熟，相比成年人更容易发生肛窦炎。
肛腺的分布：肛窦底部有肛腺开口，肛腺分泌的黏液能润滑肠道，帮助粪便排出。但如果肛窦发生炎症，炎症容易蔓延至肛腺，引起肛腺炎，进而加重肛窦的炎症反应。
局部刺激与损伤
腹泻：频繁的腹泻会使粪便频繁刺激肛窦，导致肛窦黏膜受损，增加细菌感染的机会。对于儿童来说，消化系统发育不完善，更容易出现腹泻情况，从而增加肛窦炎的发病风险。例如，一些儿童因腹部着凉、饮食不当等原因引起腹泻，若未及时治疗，就可能引发肛窦炎。
便秘：长期便秘时，干结的粪便在直肠内停留时间过长，排出困难，通过肛门时对肛窦的压力增大，容易损伤肛窦，同时也不利于肛窦内分泌物的排出，使肛窦内细菌滋生，引发炎症。老年人由于胃肠蠕动功能减弱，相对更容易发生便秘，进而增加肛窦炎的发病几率。
其他因素
免疫力低下：当人体免疫力低下时，如患有糖尿病、艾滋病等疾病，或者长期使用免疫抑制剂等，身体对细菌的抵抗力下降，容易发生肛窦感染，引发肛窦炎。例如，糖尿病患者由于血糖控制不佳，机体的抗感染能力减弱，肛窦部位更容易受到细菌侵袭而发炎。
肛门直肠周围组织的炎症蔓延：邻近的肛门直肠周围组织的炎症，如肛周脓肿、直肠炎等，可蔓延至肛窦，引起肛窦炎。比如肛周脓肿如果向肛窦方向蔓延，就可能导致肛窦发生炎症。
