肛乳头肥大的主要症状包括肛门不适（有异物感、坠胀感，久坐久站加重，长期久坐、便秘可诱发加重）、排便不尽感（排便后仍觉粪便未排净）、肛门瘙痒（分泌物刺激肛周皮肤致痒，儿童搔抓频繁易致皮肤破损，有肛周湿疹基础病者症状可加重）、便血（出血量少，多为粪便表面带血或手纸有血迹，合并其他肛肠病时情况不同，女性经期需鉴别）、疼痛（肛乳头脱出嵌顿致剧烈疼痛，儿童耐受低哭闹不止，过度用力排便可诱发）。
肛门不适
患者常可感觉肛门有异物感，尤其是在排便时，这种异物感可能会更加明显。对于儿童患者，由于其表达能力相对有限，可能会表现出频繁用手搔抓肛门、坐立不安等情况。这是因为肥大的肛乳头刺激肛门周围组织，引起局部的不适感。
部分患者还可能出现肛门坠胀感，总觉得肛门有东西没排净，这种坠胀感在久坐、久站后可能会加重。在生活方式方面，长期久坐、便秘等情况可能会诱发或加重这种肛门坠胀不适的感觉。
排便不尽感
患者在排便后，仍会有粪便未排净的感觉，总想要再次排便。这是由于肥大的肛乳头占据了部分肛管空间，影响了粪便的正常排出，导致患者产生排便不尽的主观感受。对于老年患者，本身胃肠蠕动功能相对较弱，再加上肛乳头肥大引起的排便不尽感，可能会进一步影响其正常的排便习惯和生活质量。
肛门瘙痒
肥大的肛乳头可刺激肛门腺体分泌增多，导致分泌物溢出肛门外，刺激肛周皮肤，引起肛门瘙痒。儿童患者由于皮肤较为娇嫩，肛门瘙痒可能会导致其搔抓更加频繁，进而可能引起肛周皮肤破损，增加感染的风险。在病史方面，如果患者本身有肛周湿疹等基础疾病，肛乳头肥大引起的分泌物刺激可能会使肛门瘙痒症状加重。
便血
一般出血量较少，多为粪便表面带血或便后手纸上有血迹。这是因为在排便过程中，肥大的肛乳头与肛管黏膜摩擦，导致黏膜破损而引起出血。但如果患者同时合并有其他肛肠疾病，如痔疮等，可能会使便血情况有所不同。对于女性患者，在月经期间，由于局部生理环境的变化，可能会对便血的观察产生一定干扰，需要仔细鉴别。
疼痛
当肥大的肛乳头脱出肛门外未能及时回缩时，可引起嵌顿，导致肛门剧烈疼痛。这种疼痛通常较为剧烈，患者坐立难安。儿童患者由于对疼痛的耐受程度相对较低，嵌顿引起的疼痛可能会使他们哭闹不止。在生活方式上，过度用力排便等情况可能会诱发肛乳头脱出嵌顿，从而引发疼痛。
