可从症状表现、眼部检查、病因三方面区分病毒性结膜炎和细菌性结膜炎，病毒性结膜炎有异物感、流泪等症状，分泌物水样或浆液性，部分有全身症状，病程1-2周，结膜刮片单核细胞增多，由腺病毒等引起；细菌性结膜炎有异物感、流泪等症状，分泌物脓性或黏液脓性，病程较短，结膜刮片中性粒细胞增多，由金黄葡萄球菌等引起，儿童因卫生习惯等易发病。
一、从症状表现区分
病毒性结膜炎：
患者通常会有明显的异物感、流泪等症状，眼部分泌物一般为水样或浆液性。部分患者还可能伴有全身症状，如发热、咽痛等上呼吸道感染表现，尤其在儿童群体中，可能因病毒感染累及全身而出现相应症状。例如腺病毒性结膜炎，常表现为结膜充血、水肿，睑结膜出现滤泡等，儿童感染时可能因免疫系统尚未完全发育，全身症状相对更易出现。
病程相对较长，一般可持续1-2周左右。
细菌性结膜炎：
眼部异物感、流泪等症状也较明显，但其眼部分泌物多为脓性或黏液脓性。在性别上无明显差异，但不同年龄段可能有不同特点，儿童由于卫生习惯相对较差，更容易接触到细菌而引发细菌性结膜炎，表现为眼部大量脓性分泌物，可黏住眼睑。
病程相对病毒性结膜炎较短，及时治疗后一般数天内可好转。
二、从眼部检查区分
病毒性结膜炎：
结膜刮片检查时，可见单核细胞增多。通过荧光素染色等检查，可发现角膜可能有上皮损害等情况。在不同年龄人群中，眼部的病理表现可能有一定差异，儿童的眼部组织相对娇嫩，炎症反应可能在眼部表现得更为明显，但病理本质是单核细胞介导的免疫反应。
细菌性结膜炎：
结膜刮片检查可见中性粒细胞增多。进行细菌培养等检查时，可培养出相应的致病菌。对于不同年龄段的患者，细菌的种类可能有所不同，儿童常见的致病菌可能与成人有差异，需要根据具体情况进行针对性的细菌学检测来明确诊断。
三、从病因区分
病毒性结膜炎：
常见的病毒有腺病毒、肠道病毒等。腺病毒可通过接触被污染的物品、飞沫等传播，在学校、幼儿园等儿童聚集场所容易引起暴发流行。儿童由于免疫系统发育不完善，接触病毒后更容易感染发病。肠道病毒引起的结膜炎也可通过密切接触等方式传播。
细菌性结膜炎：
常见的细菌有金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌、流感嗜血杆菌等。不注意眼部卫生是常见的感染途径，儿童如果用手揉眼等不卫生行为，容易导致细菌感染结膜而发病。不同细菌的致病特点有所不同，例如流感嗜血杆菌引起的结膜炎可能具有一定的传染性，在儿童群体中需注意隔离防护。
