肛门痛的常见原因包括肛肠疾病（如肛裂、痔疮、肛周脓肿、肛瘘）、感染性因素（如肛门周围皮肤感染、肠道寄生虫感染）、神经系统病变（如腰椎间盘突出症、阴部神经损伤）及其他因素（如肛门异物、肛门直肠恶性肿瘤）。
肛裂：多因便秘等原因导致肛管皮肤全层纵行裂开，排便时可出现剧烈疼痛，特点是排便时疼痛，便后有短暂缓解，随后又出现长时间的肛痛，同时可伴有便血，便血颜色鲜红，量一般较少。多见于青壮年及儿童等不同年龄段人群，儿童肛裂往往与大便干结有关，而青壮年肛裂可能与不良排便习惯等因素相关。
痔疮：尤其是血栓性外痔和嵌顿性内痔，血栓性外痔是由于痔核内血管破裂出血，形成血栓，引起肛门剧烈疼痛，疼痛较为剧烈，可触摸到肛门处有硬结。嵌顿性内痔是内痔脱出后不能回纳，导致局部血液循环障碍，出现肿胀、疼痛，多见于有痔疮病史且长时间蹲厕、便秘等情况的人群。
肛周脓肿：是肛管直肠周围软组织或其周围间隙发生的急性化脓性感染，常表现为肛门周围持续性疼痛，逐渐加重，病变处有红肿、硬结、压痛，病情严重时可伴有发热等全身症状，各年龄段均可发病，免疫力低下人群更易患病。
肛瘘：一般疼痛不明显，但当瘘管感染或脓液排出不畅时可出现局部胀痛，若外口暂时封闭，脓液积聚可引起疼痛加剧，可摸到条索状瘘管，多见于有肛周脓肿病史经治疗后形成肛瘘的人群，各年龄段均有发病可能。
感染性因素
肛门周围皮肤感染：如细菌感染引起的毛囊炎等，可导致肛门周围皮肤红肿、疼痛，有炎性结节，多见于不注意肛门局部卫生、皮肤破损后感染的人群，各年龄段均可发生。
肠道寄生虫感染：如蛔虫、蛲虫等感染，蛲虫常在夜间爬出肛门产卵，可引起肛门周围瘙痒、疼痛，尤其多见于儿童，儿童由于卫生习惯相对较差，更容易发生肠道寄生虫感染。
神经系统病变
腰椎间盘突出症：当腰椎间盘突出压迫神经时，可能会引起肛门周围放射性疼痛，同时可伴有腰痛、下肢麻木等症状，多见于长期久坐、弯腰工作等人群，各年龄段均可发病，中老年人相对更常见。
阴部神经损伤：如外伤等原因导致阴部神经损伤，可引起肛门部位疼痛，疼痛性质多样，可见于有会阴部外伤等病史的人群。
其他因素
肛门异物：如不慎将异物插入肛门，可引起肛门疼痛，多见于儿童好奇将异物塞入肛门或有自残行为者，以及某些特殊职业意外情况等，不同年龄段均有发生可能。
肛门直肠恶性肿瘤：晚期肿瘤侵犯周围组织或神经时可出现肛门疼痛，同时可伴有便血、大便习惯改变、消瘦等症状，多见于中老年人，随着年龄增长发病风险可能增加。
