低位肛瘘常见症状有流脓，表现为间断性流脓，量与瘘管情况及生活方式等有关；疼痛，平时不明显，感染或脓液排出不畅时疼，排便时加剧，受年龄、病史、生活方式影响；瘙痒，因脓液刺激致肛门周围瘙痒、皮肤改变，受年龄、卫生、病史影响；肛门周围可摸到条索状硬结，按压有轻度疼痛，受年龄、身体状况、生活方式影响。
流脓
表现：低位肛瘘通常会有间断性的流脓现象。脓液量多少不等，新生成的瘘管流脓较多，脓液呈脓性、黄色、稠厚，有臭味；有时瘘管暂时闭合，可无脓液，之后又可再次流脓。
影响因素：与瘘管的长短、是否有分支等有关。一般来说，较短且分支少的瘘管流脓相对较有规律，而复杂的低位肛瘘流脓情况可能更复杂。在生活方式方面，若患者进食辛辣刺激食物、饮酒等，可能会刺激瘘管，导致流脓增多。对于不同年龄人群，儿童患者可能因为卫生习惯等因素，流脓后若不及时清洁，可能会引起局部皮肤的刺激等问题；成年患者若生活不规律等也可能影响流脓情况。
疼痛
表现：一般情况下，低位肛瘘平时疼痛不明显。当瘘管感染或脓液排出不畅而肿胀发炎时，会感到疼痛，尤其是在排便时，由于粪便的挤压等，疼痛可能会加剧。疼痛的程度因人而异，有的患者可能仅感觉轻微的坠胀样疼痛，有的则可能感到较为明显的刺痛或灼痛。
影响因素：年龄方面，儿童对疼痛的感知和耐受与成人不同，儿童可能因为不能准确表达疼痛而表现出哭闹等异常行为；在病史方面，如果患者既往肛瘘发作频繁，对疼痛的耐受性可能会有所变化。生活方式上，过度劳累、久坐等可能会加重疼痛症状。
瘙痒
表现：由于脓液不断刺激肛门周围皮肤，患者会感到肛门周围瘙痒，皮肤可出现潮湿、湿疹样改变，甚至因搔抓而导致皮肤破损、增厚等。
影响因素：年龄较小的儿童，皮肤较为娇嫩，瘙痒时搔抓可能更容易导致皮肤损伤，需要特别注意护理；成年患者若不注意肛门周围清洁，瘙痒会更明显。生活方式中，不注意个人卫生，不经常清洗肛门周围，会使瘙痒加重。病史方面，若患者肛瘘反复发作，肛门周围皮肤长期受到刺激，瘙痒可能会成为长期困扰的问题。
肿块
表现：在肛门周围可摸到条索状的硬结，按压时可能有轻度疼痛。这是因为瘘管纤维化形成的条索状物。
影响因素：不同年龄人群，肿块的表现可能因身体状况不同而有差异。儿童的身体修复能力较强，但肿块若长期存在不处理，也可能影响其正常生长发育相关的局部情况；成年患者若肿块伴有感染等情况，可能会使肿块增大、疼痛加剧等。生活方式上，长期便秘等可能会对肛门周围组织产生影响，进而影响肿块的状态。
