增生肛乳头瘤有多种常见症状，包括肛门不适（不同人群因不同生活方式等易出现）、排便不尽感（不同年龄性别人群有别，有肠道病史者易出现）、肛门瘙痒（个人卫生差及有基础疾病者易加重）、出血（不同人群表现有差异，有凝血障碍病史者更严重）、疼痛（肛乳头瘤脱出嵌顿时会痛，不同人群感知不同）、肿物脱出（不同人群需注意相应事项，有肛门括约肌功能障碍病史者易出现不易回纳情况）。
患者可感觉肛门有异物感，尤其是在排便时，这种异物感可能会更加明显。不同年龄、性别人群均可能出现，生活方式方面，长期久坐、便秘等人群相对更易因肛门局部血液循环不畅等因素导致肛乳头受刺激而出现肛门不适。对于有肛肠疾病病史的人群，如既往有痔疮等病史，更易诱发肛乳头瘤增生及相关不适症状。
排便不尽感
部分患者在排便后仍会感觉肛门内有粪便未排净，总觉得还需要再次排便。这种情况在年龄较大、胃肠蠕动相对缓慢的人群中可能更为常见，女性在孕期由于子宫增大压迫肠道等因素，也可能增加出现排便不尽感的风险。有肠道疾病病史的人群，如肠道炎症等，可能因肠道功能紊乱而出现排便不尽感。
肛门瘙痒
由于肛乳头瘤刺激肛门周围皮肤，导致分泌物渗出，刺激肛周皮肤引起瘙痒。不同年龄段人群均可发生，男性和女性在这方面无明显性别差异，但个人卫生习惯差的人群更易因局部清洁不到位而加重肛门瘙痒症状。有糖尿病等基础疾病的人群，由于机体抵抗力相对较低，皮肤易受刺激，也更容易出现肛门瘙痒伴随肛乳头瘤的情况。
出血
排便时粪便摩擦增生的肛乳头，可导致少量出血，一般表现为粪便表面带血或便后手纸上有血迹。儿童由于肛门周围组织相对娇嫩，在出现肛乳头瘤时，若排便用力等可能更易引起出血情况；老年人血管弹性相对较差，也可能影响出血后的恢复等情况。有凝血功能障碍病史的人群，出血情况可能会相对更严重且不易止血。
疼痛
当肛乳头瘤脱出肛门外不能回纳时，可引起嵌顿，导致疼痛。这种疼痛在活动、行走或坐下时可能会加剧。不同年龄人群中，儿童由于难以准确表达疼痛，可能需要通过观察其行为等判断；老年人对疼痛的耐受程度可能相对较低，且可能合并其他基础疾病影响对疼痛的应对。有肛周神经病变病史的人群，对疼痛的感知可能会与常人不同。
肿物脱出
较大的肛乳头瘤可在排便时脱出肛门外，初期可自行回纳，随着病情发展，可能需要用手推回甚至不能回纳。儿童若出现肛乳头瘤肿物脱出，家长需格外注意保持肛门局部清洁，避免感染等情况；老年患者由于身体机能下降，在处理肿物脱出时需更加小心，防止因操作不当导致不良后果。有肛门括约肌功能障碍病史的人群，更易出现肿物脱出后不易回纳等情况。
