肛瘘的评估包括病史采集、体格检查和辅助检查及鉴别诊断疾病。病史采集需关注年龄性别、症状特点；体格检查要观察肛周皮肤、检查内口等；辅助检查有超声、MRI等影像学检查；鉴别诊断包括肛周脓肿、骶尾部囊肿、会阴部尿道瘘、克罗恩病等。
症状特点：询问患者是否有肛周反复肿痛、破溃、流脓的病史，流脓的时间、频率、脓液的量及性状等。例如，有的患者肛瘘急性发作时肿痛明显，破溃流脓后症状可缓解，但易反复发作。还要了解有无发热等全身症状，若肛瘘反复发作伴有长期低热，需考虑可能存在感染未完全控制等情况。
体格检查
局部检查：首先观察肛周皮肤情况，看有无红肿、破溃口，破溃口的位置、数量等。然后用双手拇指轻轻分开肛周皮肤，检查肛瘘的内口位置，一般可通过指诊触摸肛管内有无硬结、凹陷等。肛瘘外口通常呈乳头状突起或肉芽组织的隆起，按压外口可有少量脓性分泌物溢出。对于复杂肛瘘，可能需要借助探针等辅助检查来探查瘘管走行，但操作需轻柔，避免给患者造成过多痛苦。
辅助检查
影像学检查
超声检查：经直肠超声可较好地显示肛瘘的瘘管位置、走向以及与周围组织的关系，对明确肛瘘的病变范围有一定帮助，尤其适用于复杂肛瘘的术前评估，对儿童等特殊人群也相对安全，无辐射。
MRI检查：磁共振成像对肛瘘的诊断价值较高，能清晰显示肛瘘的瘘管形态、内口位置以及与括约肌等结构的关系，是目前诊断肛瘘较为准确的影像学方法。对于复杂肛瘘、蹄铁型肛瘘等的诊断具有重要意义，在不同年龄人群中均可应用，能全面了解病变情况，为手术方案制定提供可靠依据。
鉴别诊断疾病
肛周脓肿：肛周脓肿与肛瘘关系密切，肛周脓肿破溃或切开引流后可形成肛瘘。肛周脓肿主要表现为肛周红肿热痛明显的肿块，有波动感，而肛瘘是在肛周脓肿破溃或引流后形成的，有瘘管及外口流脓等表现。通过病史及局部检查可鉴别，肛周脓肿一般未形成瘘管前主要是急性炎症表现，而肛瘘有慢性反复发作的过程及瘘管存在。
骶尾部囊肿：骶尾部囊肿可表现为骶尾部的肿块，有时也可伴有破溃流脓，但骶尾部囊肿的位置与肛瘘不同，通过超声、MRI等检查可鉴别其与肛瘘的瘘管走行等情况，骶尾部囊肿的瘘管一般不与肛管直肠相通。
会阴部尿道瘘：多见于尿道损伤或手术等情况，有尿道内排尿从会阴部创口流出的表现，可通过尿道造影等检查鉴别，会阴部尿道瘘有明确的尿道相关病史及造影等检查可发现尿道与会阴部创口相通，而肛瘘是与肛管直肠相通。
克罗恩病：克罗恩病可累及肛周，表现为肛周溃疡、瘘管等病变，常伴有肠道症状，如腹痛、腹泻等。通过病史询问、肠镜检查及病理活检等可鉴别，克罗恩病的肠道病变有其特征性表现，病理检查可见非干酪性肉芽肿等改变，而单纯肛瘘一般无肠道的典型表现。
