肛瘘有多种症状，瘘外口会间断或持续流出脓性、血性、黏液性分泌物；瘘管堵塞或引流不畅时会出现肿痛；分泌物刺激致肛周瘙痒，长期搔抓可致皮肤破损等；单纯性肛瘘无全身症状，复杂性肛瘘反复发作可出现发热、寒战、乏力等全身感染症状，且各症状表现受多种因素影响。
具体表现：肛瘘的外口会间断或持续地流出少量脓性、血性、黏液性分泌物。分泌物的量多少因瘘管的长短、复杂程度而异。一般来说，单纯性肛瘘分泌物相对较少，而复杂性肛瘘分泌物可能较多。对于儿童患者，由于其自身表达能力有限，家长需留意孩子肛周是否有异常分泌物及异味等情况。成年患者可直观察觉肛周有异常液体渗出，影响日常生活和个人卫生。
影响因素：瘘管内感染、炎症刺激会导致腺体分泌增加从而产生分泌物。如果患者合并有其他感染性疾病或自身免疫状态不佳时，分泌物可能会增多。
肿痛
具体表现：当瘘管通畅时，一般肿痛不明显。但当瘘管堵塞或引流不畅时，可出现局部肿胀疼痛，甚至伴有明显的红肿热痛。疼痛程度可轻可重，严重时可影响患者的坐立行走。在急性感染期，疼痛较为剧烈。对于女性患者，肛周肿痛可能会影响其日常的坐姿、行走等活动；老年患者由于身体机能下降，对疼痛的耐受程度可能与年轻人不同，但仍需重视肿痛带来的不适。
影响因素：堵塞的原因可能是肉芽组织增生过度、外口暂时封闭等。机体的炎症反应程度也会影响肿痛的程度，如患者本身有糖尿病等基础疾病时，炎症反应可能更重，肿痛症状也会更明显。
瘙痒
具体表现：由于分泌物不断刺激肛周皮肤，患者会感到肛周皮肤瘙痒，常忍不住搔抓。长期搔抓可能会导致肛周皮肤破损、肥厚、色素沉着等。儿童患者可能会因为肛周瘙痒而出现哭闹、烦躁等表现，家长要注意观察孩子肛周皮肤状况及行为表现来判断是否存在瘙痒症状。成年患者则会因瘙痒影响生活质量，出现睡眠不佳等情况。
影响因素：分泌物的性质、刺激强度以及患者的个体皮肤敏感性有关。如果分泌物呈刺激性较强的脓性物质，对皮肤的刺激更大，瘙痒症状可能更严重。过敏体质的患者可能对分泌物更敏感，瘙痒感更明显。
全身症状
具体表现：一般单纯性肛瘘无全身症状，但复杂性肛瘘反复发作时可出现发热、寒战、乏力等全身感染症状。发热多为低热，也可出现高热。儿童患者身体抵抗力相对较弱，全身症状可能更为明显，如发热时可能伴有精神萎靡、食欲减退等表现；老年患者全身症状可能不典型，发热程度可能不如年轻人明显，但也需警惕感染扩散的可能。
影响因素：瘘管反复感染、炎症扩散是导致全身症状的主要原因。当感染灶的细菌毒素进入血液循环时，就会引起全身炎症反应。患者的基础健康状况，如是否有基础疾病、营养状况等也会影响全身症状的表现，营养状况差的患者可能更容易出现较为明显的全身感染症状。
