肛乳头瘤症状多样，早期多无明显自觉症状，体检或查其他肛肠病时偶然发现；有排便不适，包括排便不尽感和排便时肿物脱出；会引起肛门瘙痒，因瘤体脱出致分泌物渗出刺激肛周皮肤，夜间尤甚；有疼痛，排便时因粪便摩擦挤压疼痛，嵌顿后血液循环障碍致剧烈疼痛，老年等括约肌功能差者易嵌顿。
很多患者在疾病早期可能没有明显的自觉症状，往往是在体检或者因其他肛肠疾病进行检查时偶然发现。这是因为肛乳头瘤初期瘤体较小，对肠道功能和周围组织的刺激较轻，所以不易被察觉。对于一些生活方式较为规律、没有频繁关注自身肛肠健康的人群，容易忽略这一早期信号。比如一些长期久坐但排便规律、没有明显肛周不适的人群，可能在常规体检的肛门指诊或肛门镜检查中才发现肛乳头瘤。
排便不适
排便不尽感：随着瘤体逐渐增大，患者可能会有排便不尽的感觉。这是因为增大的肛乳头瘤刺激直肠黏膜，导致患者总有排便未排空的感觉。这种情况在年龄较大、胃肠蠕动相对缓慢的人群中可能更易出现，因为他们本身肠道功能相对较弱，肛乳头瘤的刺激会进一步加重这种排便异常。例如，50岁以上的人群，本身肠道蠕动功能有所减退，当出现肛乳头瘤时，排便不尽感可能会更明显。
排便时肿物脱出：较大的肛乳头瘤可在排便时脱出肛门外。起初可自行回缩，随着瘤体增大，可能需要用手推回肛门内，甚至无法回缩。这种情况在一些生活方式不良，如长期便秘、久坐久站的人群中较为常见。长期便秘的人，排便时需要用力，会增加肛管直肠的压力，促使肛乳头瘤更容易脱出。比如一些长期便秘且不注意改善生活习惯的人群，随着病情发展，肛乳头瘤脱出的情况会逐渐加重。
肛门瘙痒
由于瘤体脱出后，可刺激肛门周围的皮肤，导致分泌物渗出，进而引起肛门瘙痒。尤其是在夜间，瘙痒感可能会更加明显，影响患者的睡眠和日常生活。对于儿童患者来说，肛门瘙痒可能会导致他们不自觉地搔抓肛门，从而引起皮肤破损等继发问题。儿童活泼好动，肛门瘙痒时搔抓可能会加重局部刺激，甚至引起感染，所以需要特别关注儿童肛乳头瘤患者的肛门瘙痒情况，及时采取措施缓解瘙痒。
疼痛
排便时疼痛：当排便时肛乳头瘤受到粪便的摩擦和挤压，可引起疼痛。疼痛程度因人而异，有的患者可能仅感觉轻微的刺痛，而有的患者疼痛较为剧烈。这种疼痛在一些大便干结、排便困难的人群中更为显著。比如本身有便秘问题的患者，排便时干硬的粪便与肛乳头瘤摩擦，会加重疼痛症状。
嵌顿后疼痛：如果肛乳头瘤脱出后发生嵌顿，即瘤体被卡在肛门外不能回缩，会导致局部血液循环障碍，引起剧烈疼痛。嵌顿时间较长还可能导致瘤体缺血、坏死。这种情况在老年患者或者身体虚弱、肛门括约肌功能较差的人群中相对更易发生。老年人身体机能衰退，肛门括约肌功能可能不如年轻人，肛乳头瘤脱出后更易发生嵌顿，一旦嵌顿，疼痛会非常剧烈，需要及时就医处理。
