复杂性肛瘘的诊断包括病史采集、体格检查、影像学检查、探针检查及亚甲蓝染色。病史采集需询问发病过程、症状特点；体格检查包括视诊肛周皮肤及触诊肛周和直肠；影像学检查有超声检查（B型超声、腔内超声）和磁共振成像（MRI）；探针检查了解瘘管走行，亚甲蓝染色帮助确定内口位置，不同年龄人群检查有相应注意事项。
了解症状特点：询问肛瘘瘘管外口流脓情况，包括脓液的量、颜色、气味等，复杂性肛瘘通常瘘管复杂，外口流脓可能时有时无、量多少不定；有无肛周疼痛，疼痛的性质、程度及与排便等的关系，复杂性肛瘘可能因瘘管分支、感染等导致疼痛较复杂肛瘘患者的疼痛程度、持续时间等可能更严重；是否有肛周瘙痒，瘙痒程度及持续时间等，肛周长期受脓液刺激可引起瘙痒。
体格检查
视诊：观察肛周皮肤情况，看有无外口，外口的数量、位置、形态，外口周围皮肤有无红肿、瘢痕等，复杂性肛瘘外口可能较多，分布较分散，周围皮肤常因反复炎症刺激出现色素沉着、瘢痕形成等。同时观察肛周有无红肿、隆起等，判断有无炎症发作。
触诊：检查肛周及直肠指诊，通过手指触摸了解瘘管走行、深度、与周围组织的关系等。复杂性肛瘘手指触摸时可感觉到较复杂的条索状结构，可能有多个分支，与周围组织粘连情况等，直肠指诊还可了解直肠内有无异常，如肿块等。
影像学检查
超声检查：
B型超声：可清晰显示肛瘘内口、瘘管走向及与周围组织的关系，对复杂性肛瘘的诊断有一定帮助。能发现较细的瘘管及分支情况，通过超声探头在肛周扫查，根据瘘管内的液体回声等情况判断瘘管位置等，但对于一些较表浅或复杂程度极高的肛瘘可能有一定局限性。
腔内超声：经直肠或肛管进行超声检查，能更精准地显示肛管直肠周围结构，对复杂性肛瘘内口的定位及瘘管分支的判断更准确，尤其对肛门括约肌周围的肛瘘病变显示清晰，可提高复杂性肛瘘诊断的准确性，不同年龄人群检查时需注意操作的轻柔程度，儿童更需谨慎操作以减少不适。
磁共振成像（MRI）：是诊断复杂性肛瘘的重要影像学检查方法。能多平面、多序列成像，清晰显示肛瘘的瘘管走行、内口位置、与肛门括约肌等结构的关系，对于复杂的多分支肛瘘、高位肛瘘等的诊断价值较高。它可以全面评估肛瘘的病变范围，为手术方案的制定提供重要依据，不同年龄人群进行MRI检查时，需根据具体情况做好相应准备，如儿童可能需要适当镇静等以保证检查顺利进行。
探针检查及亚甲蓝染色
探针检查：用探针从肛瘘外口探查，了解瘘管走行，判断内口位置，但要注意操作轻柔，避免造成假道等情况。对于复杂性肛瘘，探针探查可能遇到多个分支等情况，需结合其他检查综合判断。
亚甲蓝染色：将亚甲蓝溶液从肛瘘外口注入，然后观察直肠内相应部位有无蓝色液体渗出，以帮助确定内口位置。但该方法可能存在一定误差，需结合其他检查手段共同明确诊断，在不同年龄患者检查时，要根据患者配合程度等调整操作方式，确保检查的准确性。
