真菌性脑膜炎的诊断需综合病史采集、临床表现观察、实验室检查及影像学检查。病史采集关注基础疾病等相关因素；临床表现有发热、头痛等；实验室检查中脑脊液检查包括外观、压力、细胞计数分类、生化及真菌学检查，血清学可检测相关抗原抗体；影像学检查头颅CT早期可能无异常，后期有脑积水等表现，头颅MRI更敏感，可见脑膜强化等改变。
一、病史采集
详细询问患者的基础疾病情况，如是否有免疫抑制状态（包括长期使用免疫抑制剂、艾滋病患者等）、是否有颅脑外伤史、是否有腰椎穿刺等有创操作史以及近期是否有真菌暴露史等，这些因素与真菌性脑膜炎的发生密切相关，不同基础疾病和暴露史可能提示不同的致病真菌种类。例如，艾滋病患者由于免疫力低下，易感染新型隐球菌等真菌；有颅脑外伤史或腰椎穿刺史的患者，可能增加真菌经破损处侵入中枢神经系统的风险。
二、临床表现观察
患者可能出现发热、头痛、呕吐等症状，头痛多为持续性且进行性加重，呕吐常为喷射性。部分患者还可能出现脑膜刺激征，如颈项强直、克氏征阳性、布氏征阳性等。不同年龄段患者的临床表现可能有所差异，儿童患者可能精神萎靡、前囟饱满等表现相对突出；老年患者症状可能不典型，需更加仔细观察。
三、实验室检查
（一）脑脊液检查
1.外观：真菌性脑膜炎患者的脑脊液外观多为无色透明或微混浊。
2.压力：脑脊液压力常增高。
3.细胞计数与分类：白细胞总数轻度升高，以淋巴细胞为主。
4.生化检查：蛋白含量升高，糖和氯化物含量降低，这是真菌性脑膜炎脑脊液的典型生化改变，但需注意与其他脑膜炎相鉴别。例如，新型隐球菌脑膜炎时，脑脊液糖含量降低较为明显。
5.真菌学检查
墨汁染色：用于检测新型隐球菌，在脑脊液涂片墨汁染色中可发现圆形或椭圆形的隐球菌，有宽厚荚膜，是新型隐球菌脑膜炎的重要诊断依据。
真菌培养：将脑脊液接种于真菌培养基上，可培养出相应的致病真菌，通过培养可明确真菌种类，为后续治疗提供依据。一般需要较长时间培养，可能需要3-7天甚至更长时间，不同真菌的培养时间和生长特性有所不同。
（二）血清学检查
部分真菌可通过血清学方法检测相关抗原或抗体。例如，隐球菌荚膜多糖抗原检测是诊断新型隐球菌感染的重要血清学方法，可采用乳胶凝集试验等方法检测，若血清或脑脊液中隐球菌荚膜多糖抗原阳性，对新型隐球菌脑膜炎有较高的诊断价值。但血清学检查可能存在假阳性或假阴性情况，需要结合临床综合判断。
四、影像学检查
（一）头颅CT检查
早期可能无明显异常，随着病情进展，可能出现脑积水、脑梗死、脑膜强化等表现。例如，新型隐球菌脑膜炎患者头颅CT可能显示脑室系统扩大（脑积水表现）、脑膜强化等。
（二）头颅MRI检查
头颅MRI对颅脑病变的显示较CT更为敏感，尤其是早期病变。真菌性脑膜炎患者头颅MRI可发现脑膜强化、脑实质内小的梗死灶或肉芽肿等改变。在T2加权像上可能可见脑膜呈高信号改变，增强扫描时脑膜明显强化，有助于早期诊断和病情评估。不同患者由于病情严重程度和致病真菌不同，影像学表现会有一定差异，需要结合其他检查综合分析。
