高位肛瘘主要由肛管直肠周围脓肿、结核杆菌感染、克罗恩病、溃疡性结肠炎、直肠肛管外伤等原因引起，其中肛管直肠周围脓肿是最常见原因，不同病因在不同年龄段有不同相关情况。
肛管直肠周围脓肿：这是最常见的原因。肛管直肠周围组织受到细菌感染后形成脓肿，脓肿自行破溃或经切开引流后，若处理不彻底，感染病灶可能持续存在，进而导致肛瘘的形成。例如，肠道内的大肠杆菌等致病菌入侵肛管直肠周围组织引发脓肿，脓肿破溃后，在肛管直肠周围形成慢性感染通道，逐步发展为高位肛瘘。不同年龄段人群都可能发生肛管直肠周围脓肿，而如果脓肿未得到有效控制，就容易向高位发展形成高位肛瘘。对于儿童来说，由于自身免疫力相对较低，且肛周卫生相对不太容易保持良好，也可能发生肛管直肠周围脓肿进而引发高位肛瘘；成年人中，生活不规律、长期饮酒、喜食辛辣刺激食物等不良生活方式可能增加肛管直肠周围脓肿的发生风险，从而增加高位肛瘘的发病几率；有肛周疾病病史的人群，如既往有肛窦炎等疾病，也更容易出现肛管直肠周围脓肿，进而发展为高位肛瘘。
结核杆菌感染：结核杆菌感染也可导致高位肛瘘。当人体感染结核杆菌后，结核杆菌可侵犯肛管直肠部位，引起局部组织的炎性病变，逐步形成肛瘘。结核杆菌感染引发的肛瘘往往病情相对较为复杂，治疗难度可能较大。在各个年龄段都可能发生，有结核病史或接触过结核患者的人群属于易感人群。对于儿童，如果接触了结核患者，且自身免疫力较弱时，可能感染结核杆菌引发高位肛瘘；成年人中，本身有结核病史或者因工作等原因接触结核杆菌机会较多的人群，感染后也容易出现高位肛瘘相关病变。
克罗恩病：克罗恩病是一种慢性炎性肉芽肿性疾病，可累及胃肠道各部位。当累及肛管直肠时，会引起肠道黏膜的炎症、溃疡、穿孔等病变，进而形成肛瘘，且多为高位肛瘘。克罗恩病的发病与遗传、免疫等多种因素相关。任何年龄段都可能患病，但青少年相对多见一些。在儿童中，如果存在克罗恩病相关的遗传易感性等因素，可能在青少年时期发病，出现肛管直肠部位病变进而形成高位肛瘘；成年人中，自身免疫功能异常等因素可能诱发克罗恩病，导致高位肛瘘的发生。
溃疡性结肠炎：溃疡性结肠炎是一种慢性非特异性肠道炎症性疾病，主要累及直肠和结肠。当病情较重时，炎症可向肛管直肠周围组织蔓延，引起感染、脓肿形成，最终发展为高位肛瘘。溃疡性结肠炎的发病与自身免疫、遗传、环境等因素有关。各个年龄段均可发病，儿童发病相对较少，但也有报道，成年人中发病相对多见。对于儿童，如果有溃疡性结肠炎相关的遗传因素等，可能在一定年龄阶段发病，进而出现高位肛瘘相关病变；成年人中，长期处于不良环境因素影响下，或者自身免疫功能出现问题时，容易患溃疡性结肠炎，增加高位肛瘘的发病风险。
直肠肛管外伤：直肠肛管部位受到外伤，如刀刺伤、异物损伤等，可使肠道内的细菌等病原体进入肛管直肠周围组织，引起感染，若感染未能及时控制，就可能形成高位肛瘘。不同年龄段因外伤原因不同而有差异。儿童可能因玩耍时不慎造成直肠肛管外伤，如被尖锐物体刺伤等；成年人中，工作时的意外损伤、交通事故等导致直肠肛管外伤的情况较多见。无论是儿童还是成年人，直肠肛管外伤后如果处理不当，都可能引发感染，进而发展为高位肛瘘。
