咽肌痉挛可因延髓部位病变（如肿瘤、血管病变）影响神经传导通路或周围神经（舌咽、迷走神经受刺激或病变）引发，长期精神焦虑紧张等心理因素可通过神经内分泌干扰咽肌神经调控，咽部炎症或异物刺激可致咽肌痉挛，重症肌无力等全身性疾病也可因影响神经肌肉功能引发咽肌痉挛。
一、神经因素相关
（一）中枢神经系统病变
延髓部位的病变，如延髓肿瘤、延髓血管病变（像小脑后下动脉血栓形成等）可影响到支配咽肌的神经传导通路，使得咽肌的神经调控出现异常，从而引发咽肌痉挛。例如，延髓肿瘤会压迫周围神经结构，干扰神经信号的正常传递，导致咽肌出现不自主的痉挛性收缩。
（二）周围神经因素
舌咽神经、迷走神经受到刺激或发生病变时，也可能引起咽肌痉挛。比如，颈部外伤可能损伤舌咽神经或迷走神经，导致神经传导功能紊乱，进而影响咽肌的正常运动，引发痉挛。
二、精神心理因素相关
长期处于焦虑、紧张、压力过大的精神状态下，可能会影响神经系统的调节功能，进而波及咽肌的运动控制。例如，一些长期面临工作高压的人群，由于精神长期处于紧张状态，可能会出现咽肌痉挛的情况，这是因为精神心理因素通过神经内分泌等途径干扰了咽肌的正常神经调控机制。
三、局部刺激因素相关
咽部的炎症，如咽炎，炎症刺激会使得咽肌受到不良刺激，引发保护性的痉挛反应；咽部存在异物，比如小的鱼刺、骨头等卡在咽部，会刺激咽肌，导致咽肌不自主地痉挛，以试图排出异物。
四、全身性疾病相关
某些全身性疾病也可能与咽肌痉挛有关，例如重症肌无力，这是一种神经肌肉接头传递功能障碍的自身免疫性疾病，当累及咽肌时，会影响咽肌的正常收缩和舒张功能，从而引发咽肌痉挛；另外，一些代谢紊乱性疾病等也可能通过影响神经肌肉的功能而导致咽肌痉挛，但具体机制还需进一步基于科学研究来明确相关病理生理过程。
