骨囊肿病因未完全明确，可能与生长发育因素（骨内静脉回流障碍、骨髓内脂肪细胞代谢异常）、外伤因素（轻微外伤诱发）、遗传因素（潜在遗传易感性）有关。
骨内静脉回流障碍：在骨骼生长发育过程中，可能存在局部骨内静脉回流不畅的情况。例如，在儿童骨骼快速生长阶段，某一局部区域的骨小梁结构异常，导致静脉回流受阻，使得局部骨组织内的液体聚集，形成局部的低压环境，进而促使血液中的液体成分渗入骨组织内，逐渐形成囊肿样改变。儿童处于生长发育高峰期，骨骼的快速生长使得这种静脉回流障碍相关的发病机制更易发生。
骨髓内脂肪细胞代谢异常：正常骨髓内的脂肪细胞代谢处于动态平衡状态。在骨囊肿患者中，可能存在骨髓内脂肪细胞代谢异常，导致脂肪细胞数量或分布发生改变，影响骨组织的正常结构和代谢，从而引发骨囊肿。这种代谢异常在儿童骨骼发育过程中可能更为明显，因为儿童骨骼的代谢活跃，对脂肪细胞代谢的微小变化更为敏感。
外伤因素
轻微外伤诱发：有研究认为，一些患者的骨囊肿可能与轻微外伤有关。例如，儿童在日常活动中可能受到轻微的碰撞或扭伤等外伤，虽然外伤本身并不严重，但可能导致局部骨组织的微小损伤，进而引起骨内的一系列病理生理变化，如局部出血、血肿机化、渗出等，逐渐发展为骨囊肿。儿童好动，发生轻微外伤的概率相对较高，因此外伤因素在儿童骨囊肿的发病中可能具有一定作用。
遗传因素
潜在遗传易感性：部分研究提示，骨囊肿的发生可能与遗传因素存在一定关联。存在某些特定基因变异的个体，可能在骨骼发育过程中更容易出现骨组织的异常，从而增加骨囊肿的发病风险。然而，目前对于具体涉及的遗传基因及遗传模式还在进一步研究中。不同遗传背景的人群，其骨囊肿的发病风险可能存在差异，例如某些家族中骨囊肿的发病率相对较高，提示遗传因素在其中起到了一定作用，但具体的遗传机制仍需更深入的探索来明确。
